Dealing with the Ambiguity of Glycan Substructure Search.
Dealing with the Ambiguity of Glycan Substructure Search.
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DOI：
10.3390/molecules27010065
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发表时间：
2021-12-23
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lisacek F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Daponte V;Hayes C;Mariethoz J;Lisacek F
随着大规模糖组学和糖蛋白组学实验的兴起，描述糖链结构的模糊性显著增加。因此，基于本体的模型似乎是导航这些数据的适当解决方案。然而，导航是不够的，该模型还应支持高级搜索和比较。引入了一种新的具有树形逻辑结构的本体来表示糖链结构，而与分子细节的精确度无关。该模型严重依赖于糖链结构的GlycoCT编码。它在GlySTreeM知识库中的实现使用GlyConnect数据进行了验证，并使用Glycowork库进行了基准测试。GlySTreeM被证明是快速、一致、可靠和比现有的解决方案更灵活的匹配部分或整个糖链结构。这种模式也非常适合未来无痛的扩张。
The level of ambiguity in describing glycan structure has significantly increased with the upsurge of large-scale glycomics and glycoproteomics experiments. Consequently, an ontology-based model appears as an appropriate solution for navigating these data. However, navigation is not sufficient and the model should also enable advanced search and comparison. A new ontology with a tree logical structure is introduced to represent glycan structures irrespective of the precision of molecular details. The model heavily relies on the GlycoCT encoding of glycan structures. Its implementation in the GlySTreeM knowledge base was validated with GlyConnect data and benchmarked with the Glycowork library. GlySTreeM is shown to be fast, consistent, reliable and more flexible than existing solutions for matching parts of or whole glycan structures. The model is also well suited for painless future expansion.
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影响因子：
14.9
作者：
Fujita A;Aoki NP;Shinmachi D;Matsubara M;Tsuchiya S;Shiota M;Ono T;Yamada I;Aoki-Kinoshita KF
通讯作者：
Aoki-Kinoshita KF
影响因子：
3.1
作者：
Sahoo, SS;Thomas, C;York, WS
通讯作者：
York, WS
影响因子：
15
作者：
Gray, Christopher J.;Migas, Lukasz G.;Barran, Perdita E.;Pagel, Kevin;Seeberger, Peter H.;Eyers, Claire E.;Boons, Geert-Jan;Pohl, Nicola L. B.;Compagnon, Isabelle;Widmalm, Goran;Flitsch, Sabine L.
通讯作者：
Flitsch, Sabine L.
影响因子：
14.9
作者：
Aoki, KF;Yamaguchi, A;Kanehisa, M
通讯作者：
Kanehisa, M
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4.4
作者：
Klein, Joshua;Zaia, Joseph
通讯作者：
Zaia, Joseph