The Collection of Zoosporic Eufungi at the University of Michigan (CZEUM): introducing a new repository of barcoded Chytridiomyceta and Blastocladiomycota cultures.
The Collection of Zoosporic Eufungi at the University of Michigan (CZEUM): introducing a new repository of barcoded Chytridiomyceta and Blastocladiomycota cultures.
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DOI：
10.1186/s43008-020-00041-z
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
5.4
通讯作者：
James TY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Simmons DR;Bonds AE;Castillo BT;Clemons RA;Glasco AD;Myers JM;Thapa N;Letcher PM;Powell MJ;Longcore JE;James TY
我们于2018年在密歇根大学（CZEUM）建立了游动孢子真真菌集合，作为冷冻保存的真菌集合，巩固了缅因州大学培养物集合（UMCC或JEL），亚拉巴马大学壶菌培养物集合（UACCC）和其他游动孢子真真菌加入。CZEUM被建立为包含1045个冷冻保存的壶菌门、单囊菌门和芽枝菌门培养物的社区资源，其中52个培养物为ex-type菌株。我们的分子特征431文化扩增的rDNA操纵子在一个单一的反应，产生的平均片段长度为4739 bp。我们用Oxford Nanopore Technology MinION设备和软件对多重样品进行测序，并通过产生与已发表的桑格序列相同的序列来证明该方法是准确的。有了这些数据，我们产生了882个游动孢子真真菌菌株，以产生迄今为止这些类群的最全面的系统发育。因此，CZEUM的主要特点是分子数据，这可以指导教师和研究人员对这些生物体的未来研究。CZEUM的培养物可以通过在线门户网站购买。
We formed the Collection of Zoosporic Eufungi at the University of Michigan (CZEUM) in 2018 as a cryopreserved fungal collection consolidating the University of Maine Culture Collection (UMCC, or JEL), the University of Alabama Chytrid Culture Collection (UACCC), and additional zoosporic eufungal accessions. The CZEUM is established as a community resource containing 1045 cryopreserved cultures of Chytridiomycota, Monoblepharidomycota, and Blastocladiomycota, with 52 cultures being ex-type strains. We molecularly characterized 431 cultures by amplifying the majority of the rDNA operon in a single reaction, yielding an average fragment length of 4739 bp. We sequenced multiplexed samples with an Oxford Nanopore Technology MinION device and software, and demonstrate the method is accurate by producing sequences identical to published Sanger sequences. With these data, we generated a phylogeny of 882 zoosporic eufungi strains to produce the most comprehensive phylogeny of these taxa to date. The CZEUM is thus largely characterized by molecular data, which can guide instructors and researchers on future studies of these organisms. Cultures from the CZEUM can be purchased through an online portal.
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影响因子：
10
作者：
Naranjo-Ortiz, Miguel A.;Gabaldon, Toni
通讯作者：
Gabaldon, Toni
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作者：
Longcore, JE;Pessier, AP;Nichols, DK
通讯作者：
Nichols, DK
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作者：
Mozley-Standridge, Sharon E.;Letcher, Peter M.;Simmons, D. Rabern
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0.6
作者：
Davis, William J.;Antonetti, Jonathan;Powell, Martha J.
通讯作者：
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