GDR (Genome Database for Rosaceae): integrated web-database for Rosaceae genomics and genetics data.
GDR (Genome Database for Rosaceae): integrated web-database for Rosaceae genomics and genetics data.
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GDR（酒渣鼻科的基因组数据库）：酒渣鼻基因组学和遗传学数据的综合网络数据库。
DOI：
10.1093/nar/gkm803
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Main D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jung S;Staton M;Lee T;Blenda A;Svancara R;Abbott A;Main D
蔷薇科（Rosaceae）基因组数据库（GDR）是蔷薇科（Rosaceae）的一个中央存储库，它是一个经济上重要的家族，包括苹果、樱桃、桃子、梨、覆盆子、玫瑰和草莓。GDR包含所有公开可用的蔷薇科est的注释数据库、遗传锚点桃物理图谱、蔷薇科遗传图谱以及全面注释的标记和性状。est被组装以产生每个属和整个蔷薇科的单基因集。其他注释包括假定功能、微卫星、开放阅读框、单核苷酸多态性、基因本体术语和锚定的地图位置（如适用）。大多数已发表的蔷薇科遗传图谱都可以通过比较图谱查看器CMap进行查看和比较。桃子的物理图谱可以通过WebFPC/WebChrom查看，也可以通过我们集成的GDR地图查看器查看，该查看器可以作为综合遗传、转录组和物理图谱信息的门户。ESTs、bac、标记和性状可按不同类别查询，搜索结果站点链接到地图可视化工具。GDR还提供在线分析工具，如用于GDR数据集的批量BLAST/FASTA服务器、序列组装服务器以及微卫星和引物检测工具。GDR的网址是http://www.rosaceae.org。
The Genome Database for Rosaceae (GDR) is a central repository of curated and integrated genetics and genomics data of Rosaceae, an economically important family which includes apple, cherry, peach, pear, raspberry, rose and strawberry. GDR contains annotated databases of all publicly available Rosaceae ESTs, the genetically anchored peach physical map, Rosaceae genetic maps and comprehensively annotated markers and traits. The ESTs are assembled to produce unigene sets of each genus and the entire Rosaceae. Other annotations include putative function, microsatellites, open reading frames, single nucleotide polymorphisms, gene ontology terms and anchored map position where applicable. Most of the published Rosaceae genetic maps can be viewed and compared through CMap, the comparative map viewer. The peach physical map can be viewed using WebFPC/WebChrom, and also through our integrated GDR map viewer, which serves as a portal to the combined genetic, transcriptome and physical mapping information. ESTs, BACs, markers and traits can be queried by various categories and the search result sites are linked to the mapping visualization tools. GDR also provides online analysis tools such as a batch BLAST/FASTA server for the GDR datasets, a sequence assembly server and microsatellite and primer detection tools. GDR is available at http://www.rosaceae.org.
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影响因子：
14.9
作者：
Benson DA;Cavanaugh M;Clark K;Karsch-Mizrachi I;Lipman DJ;Ostell J;Sayers EW
通讯作者：
Sayers EW
影响因子：
14.9
作者：
Mulder NJ;Apweiler R;Attwood TK;Bairoch A;Bateman A;Binns D;Bork P;Buillard V;Cerutti L;Copley R;Courcelle E;Das U;Daugherty L;Dibley M;Finn R;Fleischmann W;Gough J;Haft D;Hulo N;Hunter S;Kahn D;Kanapin A;Kejariwal A;Labarga A;Langendijk-Genevaux PS;Lonsdale D;Lopez R;Letunic I;Madera M;Maslen J;McAnulla C;McDowall J;Mistry J;Mitchell A;Nikolskaya AN;Orchard S;Orengo C;Petryszak R;Selengut JD;Sigrist CJ;Thomas PD;Valentin F;Wilson D;Wu CH;Yeats C
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