MYC regulates the non-coding transcriptome.
MYC regulates the non-coding transcriptome.
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DOI：
10.18632/oncotarget.3033
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发表时间：
2014-12-30
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Vogt PK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hart JR;Roberts TC;Weinberg MS;Morris KV;Vogt PK
使用核糖体耗尽 RNA 的 RNA-seq（RNA 测序），我们在 P493-6 人类 B 细胞中鉴定出了 1,273 个 lncRNA（长非编码 RNA）。其中，534 个因 MYC 过度表达而上调或下调。观察到 MYC 响应性 lncRNA 在其 TSS（转录起始位点）附近的 MYC 占用率增加，表明这些是 MYC 的直接靶标。 MYC 在多个细胞系中与相同的 TSS 结合，但结合的 TSS 数量取决于细胞 MYC 水平，并随着 MYC 浓度的升高而增加。尽管启动子结合存在这种一致性，但大多数表达的lncRNA对一种细胞系是特异性的，这表明额外的、可能是分化特异性的因子在MYC结合的lncRNA启动子的活性中具有决定性作用。很大一部分 lncRNA 转录物缺乏多聚腺苷酸化。通过 NRO（核连载）和 RT-qPCR（定量逆转录 PCR）确认了 8 个选定的 lncRNA 的 RNA-seq 数据。
Using RNA-seq (RNA sequencing) of ribosome-depleted RNA, we have identified 1,273 lncRNAs (long non-coding RNAs) in P493-6 human B-cells. Of these, 534 are either up- or downregulated in response to MYC overexpression. An increase in MYC occupancy near their TSS (transcription start sites) was observed for MYC-responsive lncRNAs suggesting these are direct MYC targets. MYC binds to the same TSS across several cell lines, but the number of TSS bound depends on cellular MYC levels and increases with higher MYC concentrations. Despite this concordance in promoter binding, a majority of expressed lncRNAs are specific for one cell line, suggesting a determinant role of additional, possibly differentiation-specific factors in the activity of MYC-bound lncRNA promoters. A significant fraction of the lncRNA transcripts lack polyadenylation. The RNA-seq data were confirmed on eight selected lncRNAs by NRO (nuclear run-on) and RT-qPCR (quantitative reverse transcription PCR).
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影响因子：
56.9
作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
通讯作者：
Hayashizaki, Y
影响因子：
7.3
作者：
Gao J;Aksoy BA;Dogrusoz U;Dresdner G;Gross B;Sumer SO;Sun Y;Jacobsen A;Sinha R;Larsson E;Cerami E;Sander C;Schultz N
通讯作者：
Schultz N
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
8.8
作者：
Hirvonen, Harri E.;Salonen, Reijo;Sandberg, Minna M.;Vuorio, Eero;Vastrik, Imre;Kotilainen, Esa;Kalimo, Hannu
通讯作者：
Kalimo, Hannu
影响因子：
37.3
作者：
Augoff K;McCue B;Plow EF;Sossey-Alaoui K
通讯作者：
Sossey-Alaoui K