The landscape of C. elegans 3'UTRs.
The landscape of C. elegans 3'UTRs.
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DOI：
10.1126/science.1191244
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发表时间：
2010-07-23
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kim JK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mangone M;Manoharan AP;Thierry-Mieg D;Thierry-Mieg J;Han T;Mackowiak SD;Mis E;Zegar C;Gutwein MR;Khivansara V;Attie O;Chen K;Salehi-Ashtiani K;Vidal M;Harkins TT;Bouffard P;Suzuki Y;Sugano S;Kohara Y;Rajewsky N;Piano F;Gunsalus KC;Kim JK
后生动物信使 RNA (mRNA) 的三素非翻译区 (3'UTR) 包含许多调控元件，但在很大程度上仍未被表征。利用polyA捕获、互补DNA (cDNA)末端的3'快速扩增、全长cDNA和RNA-seq，我们在秀丽隐杆线虫中定义了约26,000个不同的3'UTR，用于18,328个实验支持的蛋白质编码基因中的约85%，并修改了约40%的基因模型。替代的 3'UTR 同种型很常见，通常在发育过程中差异表达。平均 3'UTR 长度随着动物年龄的增长而减少。令人惊讶的是，13% 的多腺苷酸化位点没有检测到多腺苷酸化信号 (PAS)，主要是在较短的替代亚型中。反式剪接（相对于非反式剪接）mRNA 具有更长的 3'UTR，并且通常不含 PAS 或变体 PAS。我们鉴定了保守的 3'UTR 基序、异构体特异性预测的 microRNA 靶位点以及大多数组蛋白基因的多腺苷酸化。我们的数据揭示了 3'UTR 的丰富复杂性，包括全基因组和整个发育过程。
Three-prime untranslated regions (3′UTRs) of metazoan messenger RNAs (mRNAs) contain numerous regulatory elements, yet remain largely uncharacterized. Using polyA capture, 3′ rapid amplification of complementary DNA (cDNA) ends, full-length cDNAs, and RNA-seq, we defined ∼26,000 distinct 3′UTRs in Caenorhabditis elegans for ∼85% of the 18,328 experimentally supported protein-coding genes and revised ∼40% of gene models. Alternative 3′UTR isoforms are frequent, often differentially expressed during development. Average 3′UTR length decreases with animal age. Surprisingly, no polyadenylation signal (PAS) was detected for 13% of polyadenylation sites, predominantly among shorter alternative isoforms. Trans-spliced (versus non–trans-spliced) mRNAs possess longer 3′UTRs and frequently contain no PAS or variant PAS. We identified conserved 3′UTR motifs, isoform-specific predicted microRNA target sites, and polyadenylation of most histone genes. Our data reveal a rich complexity of 3′UTRs, both genome-wide and throughout development.
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