A roadmap for natural product discovery based on large-scale genomics and metabolomics.
A roadmap for natural product discovery based on large-scale genomics and metabolomics.
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基于大规模基因组学和代谢组学的自然产品发现的路线图。
DOI：
10.1038/nchembio.1659
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发表时间：
2014-11
影响因子：
14.8
通讯作者：
Metcalf, William W.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Doroghazi, James R.;Albright, Jessica C.;Goering, Anthony W.;Ju, Kou-San;Haines, Robert R.;Tchalukov, Konstantin A.;Labeda, David P.;Kelleher, Neil L.;Metcalf, William W.
放线菌编码丰富的天然产物生物合成基因簇（NPGCs），其系统研究是复杂的许多重复的模体。通过结合几个指标，我们开发了一种方法，这些基因簇的家庭（GCF）的全球分类和分析放线菌的生物合成能力的830个基因组序列，包括344个获得了这个项目。GCF网络由11，422个基因簇组成，分为4，122个GCF，通过将已知小分子的可靠质谱检测与其建立的生物合成基因簇的存在/不存在相关联，在数百种菌株中进行了验证。该方法还将以前未分配的GCF与已知的天然产物联系起来，这种方法将使使用大型数据集重新发现新的天然产物。从830个基因组数据集的外推显示，放线菌编码数十万种未来的药物先导，而放线菌基因与GCF之间的强相关性为有效获取它们制定了路线图。
Actinobacteria encode a wealth of natural product biosynthetic gene clusters (NPGCs), whose systematic study is complicated by numerous repetitive motifs. By combining several metrics we developed a method for global classification of these gene clusters into families (GCFs) and analyzed the biosynthetic capacity of Actinobacteria in 830 genome sequences, including 344 obtained for this project. The GCF network, comprised of 11,422 gene clusters grouped into 4,122 GCFs, was validated in hundreds of strains by correlating confident mass spectrometric detection of known small molecules with the presence/absence of their established biosynthetic gene clusters. The method also linked previously unassigned GCFs to known natural products, an approach that will enable de novo, bioassay-free discovery of novel natural products using large data sets. Extrapolation from the 830-genome dataset reveals that Actinobacteria encode hundreds of thousands of future drug leads, while the strong correlation between phylogeny and GCFs frames a roadmap to efficiently access them.
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DOI：
10.1073/pnas.1318021111
发表时间：
2014-03-11
影响因子：
11.1
作者：
Charlop-Powers, Zachary;Owen, Jeremy G.;Brady, Sean F.
通讯作者：
Brady, Sean F.
影响因子：
14.9
作者：
Ichikawa N;Sasagawa M;Yamamoto M;Komaki H;Yoshida Y;Yamazaki S;Fujita N
通讯作者：
Fujita N
影响因子：
14.8
作者：
Dunbar, Kyle L.;Melby, Joel O.;Mitchell, Douglas A.
通讯作者：
Mitchell, Douglas A.
影响因子：
4.4
作者：
Doroghazi JR;Metcalf WW
通讯作者：
Metcalf WW
链霉菌中放线菌素 G 基因簇的鉴定和表征。
影响因子：
--
作者：
Wang, Xiaoling;Tabudravu, Jioji;Deng, Hai
通讯作者：
Deng, Hai