RMBase v2.0: deciphering the map of RNA modifications from epitranscriptome sequencing data.
RMBase v2.0: deciphering the map of RNA modifications from epitranscriptome sequencing data.
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RBase v2.0：从表观转录组测序数据中破译 RNA 修饰图谱。
DOI：
10.1093/nar/gkx934
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Yang JH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xuan JJ;Sun WJ;Lin PH;Zhou KR;Liu S;Zheng LL;Qu LH;Yang JH
摘要到目前为止，已有100多种不同的化学修饰对RNA进行了表征。然而，各种RNA修饰的流行程度、机制和功能在很大程度上仍不清楚。为了提供转录组范围的RNA修饰图景，我们开发了RMBase v2.0(http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/)，)，这是一个综合的数据库，整合了表观转录组测序数据，用于探索RNA的转录后修饰及其与miRNA结合事件、疾病相关的单核苷酸多态(SNP)和RNA结合蛋白(RBP)的关系。RMBase v2.0扩展了∼600数据集和来自13个物种的47个研究的∼1 397000个修改位点，与之前的版本相比扩展了大约10倍。它包括∼1373000 N6-甲基腺苷(M6A)、∼5400N1-甲基腺苷(M1a)、∼9600伪尿苷(Ψ)修饰、∼10005-甲基胞嘧啶(M5C)修饰、∼51002‘-O-甲基化(2’-O-Me)和其他修饰类型的∼2800修饰。此外，我们还构建了一个名为Motif的新模块，它提供了修改Motif的可视化徽标和位置权重矩阵(PPM)。我们还构建了一个新的模块‘modRBP’来研究RNA修饰和限制性商业惯例之间的关系。此外，我们开发了一个新的基于网络的工具‘modMetagene’来沿着转录本模型绘制RNA修饰的元基因。这个数据库将帮助研究人员调查RNA修饰的潜在功能和机制。
Abstract More than 100 distinct chemical modifications to RNA have been characterized so far. However, the prevalence, mechanisms and functions of various RNA modifications remain largely unknown. To provide transcriptome-wide landscapes of RNA modifications, we developed the RMBase v2.0 (http://rna.sysu.edu.cn/rmbase/), which is a comprehensive database that integrates epitranscriptome sequencing data for the exploration of post-transcriptional modifications of RNAs and their relationships with miRNA binding events, disease-related single-nucleotide polymorphisms (SNPs) and RNA-binding proteins (RBPs). RMBase v2.0 was expanded with ∼600 datasets and ∼1 397 000 modification sites from 47 studies among 13 species, which represents an approximately 10-fold expansion when compared with the previous release. It contains ∼1 373 000 N6-methyladenosines (m6A), ∼5400 N1-methyladenosines (m1A), ∼9600 pseudouridine (Ψ) modifications, ∼1000 5-methylcytosine (m5C) modifications, ∼5100 2′-O-methylations (2′-O-Me), and ∼2800 modifications of other modification types. Moreover, we built a new module called ‘Motif’ that provides the visualized logos and position weight matrices (PWMs) of the modification motifs. We also constructed a novel module termed ‘modRBP’ to study the relationships between RNA modifications and RBPs. Additionally, we developed a novel web-based tool named ‘modMetagene’ to plot the metagenes of RNA modification along a transcript model. This database will help researchers investigate the potential functions and mechanisms of RNA modifications.
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通讯作者：
Schaening C
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Hubbard TJ