NOPdb: Nucleolar Proteome Database.
NOPdb: Nucleolar Proteome Database.
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NOPdb：核仁蛋白质组数据库。
DOI：
10.1093/nar/gkj004
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发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lamond AI
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Leung AK;Trinkle-Mulcahy L;Lam YW;Andersen JS;Mann M;Lamond AI
核仁蛋白质组数据库(NOPdb)记录了通过多重质谱仪(MS)分析从最突出的核细胞器--核仁的高纯度制剂中鉴定出的>；700蛋白质的数据。每个蛋白质条目都注明了其相应基因、结构域结构和跨物种的相关蛋白质同源物的信息，并记录了其MS鉴定历史，包括通过串联MS/MS测序的所有多肽。此外，还比较了转录抑制时不同时间点∼5 0 0核仁蛋白质相对水平的定量变化。通过NOPdb中的可视化手段突出显示的多个时间点的蛋白质丰度变化的关联，提供了关于核仁蛋白质之间潜在相互作用和关系的线索，从而暗示了组成新的/未鉴定的蛋白质的30%的蛋白质组中的因子的假定功能。NOPdb()可以通过基因名称、核苷酸或蛋白质序列、基因本体论术语或基序进行搜索，或通过限制等电点和/或分子量的范围以及与其他数据库(如LocusLink、OMIM和PubMed)的链接来进行搜索。
The Nucleolar Proteome Database (NOPdb) archives data on >700 proteins that were identified by multiple mass spectrometry (MS) analyses from highly purified preparations of human nucleoli, the most prominent nuclear organelle. Each protein entry is annotated with information about its corresponding gene, its domain structures and relevant protein homologues across species, as well as documenting its MS identification history including all the peptides sequenced by tandem MS/MS. Moreover, data showing the quantitative changes in the relative levels of ∼500 nucleolar proteins are compared at different timepoints upon transcriptional inhibition. Correlating changes in protein abundance at multiple timepoints, highlighted by visualization means in the NOPdb, provides clues regarding the potential interactions and relationships between nucleolar proteins and thereby suggests putative functions for factors within the 30% of the proteome which comprises novel/uncharacterized proteins. The NOPdb () is searchable by either gene names, nucleotide or protein sequences, Gene Ontology terms or motifs, or by limiting the range for isoelectric points and/or molecular weights and links to other databases (e.g. LocusLink, OMIM and PubMed).
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影响因子：
14.9
作者：
Wheeler DL;Church DM;Edgar R;Federhen S;Helmberg W;Madden TL;Pontius JU;Schuler GD;Schriml LM;Sequeira E;Suzek TO;Tatusova TA;Wagner L
通讯作者：
Wagner L
影响因子：
9.2
作者：
Andersen, JS;Lyon, CE;Lamond, AI
通讯作者：
Lamond, AI
DOI：
10.1615/critreveukaryotgeneexpr.v13.i1.40
发表时间：
2003-01-01
影响因子：
1.6
作者：
Leung, AKL;Lamond, AI
通讯作者：
Lamond, AI
影响因子：
3.3
作者：
Spellman, PT;Sherlock, G;Futcher, B
通讯作者：
Futcher, B
影响因子：
14.9
作者：
Mulder, NJ;Apweiler, R;Zdobnov, EM
通讯作者：
Zdobnov, EM