3C and 3C-based techniques: the powerful tools for spatial genome organization deciphering.
3C and 3C-based techniques: the powerful tools for spatial genome organization deciphering.
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3C 和基于 3C 的技术：空间基因组组织解密的强大工具
DOI：
10.1186/s13039-018-0368-2
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发表时间：
2018
影响因子：
1.3
通讯作者：
Wang K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Han J;Zhang Z;Wang K
众所周知，染色体是在细胞核中组织起来的，这种基因组的空间排列在基因调控和基因组稳定性方面起着至关重要的作用。人们开发并应用了不同的技术来揭示基因组结构的内在机制，特别是染色体构象捕获（3C）和3C衍生方法。3C和3C衍生技术为我们提供了在基因组规模上进行高通量染色质结构测定的方法。然而，目前的C-技术的方法的优点和缺点还没有得到广泛的讨论。本文综述了C技术在基因组结构研究中的应用，重点介绍了Hi-C方法。我们还讨论了当前基于3C和3C衍生技术的基因组结构研究所面临的关键挑战，以及未来技术的发展方向，以解决该领域目前悬而未决的问题。这些最新消息有助于我们目前对基因组结构的理解，并为研究人员在未来的应用中选择合适的方法提供了全面的参考。我们认为，这些不断改进的技术将提供一个更精细，更准确的接触整个基因组的轮廓，并最终揭示特定的分子机器控制其形状和功能。
It is well known that the chromosomes are organized in the nucleus and this spatial arrangement of genome play a crucial role in gene regulation and genome stability. Different techniques have been developed and applied to uncover the intrinsic mechanism of genome architecture, especially the chromosome conformation capture (3C) and 3C-derived methods. 3C and 3C-derived techniques provide us approaches to perform high-throughput chromatin architecture assays at the genome scale. However, the advantage and disadvantage of current methodologies of C-technologies have not been discussed extensively. In this review, we described and compared the methodologies of C-technologies used in genome organization studies with an emphasis on Hi-C method. We also discussed the crucial challenges facing current genome architecture studies based on 3C and 3C-derived technologies and the direction of future technologies to address currently outstanding questions in the field. These latest news contribute to our current understanding of genome structure, and provide a comprehensive reference for researchers to choose the appropriate method in future application. We consider that these constantly improving technologies will offer a finer and more accurate contact profiles of entire genome and ultimately reveal specific molecular machines govern its shape and function.
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DOI：
10.1038/nrg3454
发表时间：
2013-06
期刊：
Nature reviews. Genetics
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--
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通讯作者：
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