Population-scale tissue transcriptomics maps long non-coding RNAs to complex disease.
Population-scale tissue transcriptomics maps long non-coding RNAs to complex disease.
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DOI：
10.1016/j.cell.2021.03.050
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发表时间：
2021-05-13
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Montgomery SB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
de Goede OM;Nachun DC;Ferraro NM;Gloudemans MJ;Rao AS;Smail C;Eulalio TY;Aguet F;Ng B;Xu J;Barbeira AN;Castel SE;Kim-Hellmuth S;Park Y;Scott AJ;Strober BJ;GTEx Consortium;Brown CD;Wen X;Hall IM;Battle A;Lappalainen T;Im HK;Ardlie KG;Mostafavi S;Quertermous T;Kirkegaard K;Montgomery SB
长链非编码RNA（lncRNA）基因对分子和细胞功能具有重要影响。然而，在数以千计的lncRNA基因中，识别与疾病或性状相关的子集仍然是一个重大挑战。为了系统地表征这些lncRNA基因，我们使用GTEx v8遗传和多组织转录组学数据来分析49个组织中14，100个lncRNA基因的表达，遗传调控，细胞环境和性状关联，用于101个不同的复杂遗传性状。使用这些方法，我们确定了1，432个lncRNA基因-性状关联，其中800个不能用邻近蛋白质编码基因的更强影响来解释。这包括lncRNA数量性状位点与炎症性肠病、1型和2型糖尿病、冠状动脉疾病之间的关联，以及与体重指数之间的罕见变异关联。NIH基因型组织表达（GTEx）项目数据的系统分析提供了对lncRNA基因表达模式和功能的见解，探索了遗传变异对lncRNA的影响，并将lncRNA与复杂的性状和人类疾病联系起来。
Long non-coding RNA (lncRNA) genes have well-established and important impacts on molecular and cellular functions. However, among the thousands of lncRNA genes, it is still a major challenge to identify the subset with disease or trait relevance. To systematically characterize these lncRNA genes, we used GTEx v8 genetic and multi-tissue transcriptomic data to profile the expression, genetic regulation, cellular contexts, and trait associations of 14,100 lncRNA genes across 49 tissues for 101 distinct complex genetic traits. Using these approaches, we identified 1,432 lncRNA gene-trait associations, 800 of which were not explained by stronger effects of neighboring protein-coding genes. This included associations between lncRNA quantitative trait loci and inflammatory bowel disease, type 1 and type 2 diabetes, and coronary artery disease, as well as rare variant associations to body-mass index. A systematic analysis of NIH Genotype Tissue Expression (GTEx) project data provides insights into lncRNA gene expression patterns and functions, explores the impact of genetic variation on lncRNAs, and connects lncRNAs to complex traits and human disease.
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作者：
Castel SE;Levy-Moonshine A;Mohammadi P;Banks E;Lappalainen T
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The Gene Ontology Consortium
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