Single cell transcriptome sequencing of inspiratory neurons of the preBötzinger complex in neonatal mice.
Single cell transcriptome sequencing of inspiratory neurons of the preBötzinger complex in neonatal mice.
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DOI：
10.1038/s41597-022-01569-y
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发表时间：
2022-07-30
期刊：
影响因子：
9.8
通讯作者：
Del Negro, Christopher A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
David, Caroline K.;Sugimura, Yae K.;Kallurkar, Prajkta S.;Picardo, Maria Cristina D.;Saha, Margaret S.;Conradi Smith, Gregory D.;Del Negro, Christopher A.
脑干 preBötzinger 复合体 (preBötC) 中的神经元产生吸气呼吸运动的节律和基本运动模式。我们对新生小鼠切片的 preBötC 中的吸气神经元进行了全细胞膜片钳记录，这些切片在体外保留了呼吸相关的节律性。我们根据神经元的电生理特性和遗传背景对其进行分类，然后吸取其细胞内容物进行单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq)。该数据集提供原始核苷酸序列（FASTQ 文件）和映射到小鼠基因组的核苷酸序列注释文件（来自 Ensembl 的 mm10），其中包括片段计数、基因长度和每百万映射读取中每千碱基转录本的片段 (FPKM)。这些数据反映了产生吸气呼吸运动节律和模式的神经元的转录组。
Neurons in the brainstem preBötzinger complex (preBötC) generate the rhythm and rudimentary motor pattern for inspiratory breathing movements. We performed whole-cell patch-clamp recordings from inspiratory neurons in the preBötC of neonatal mouse slices that retain breathing-related rhythmicity in vitro. We classified neurons based on their electrophysiological properties and genetic background, and then aspirated their cellular contents for single-cell RNA sequencing (scRNA-seq). This data set provides the raw nucleotide sequences (FASTQ files) and annotated files of nucleotide sequences mapped to the mouse genome (mm10 from Ensembl), which includes the fragment counts, gene lengths, and fragments per kilobase of transcript per million mapped reads (FPKM). These data reflect the transcriptomes of the neurons that generate the rhythm and pattern for inspiratory breathing movements.
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Zeng H