Automated brightfield morphometry of 3D organoid populations by OrganoSeg.
Automated brightfield morphometry of 3D organoid populations by OrganoSeg.
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DOI：
10.1038/s41598-017-18815-8
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发表时间：
2018-03-28
影响因子：
4.6
通讯作者：
Janes KA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Borten MA;Bajikar SS;Sasaki N;Clevers H;Janes KA
球形和类器官培养物是生物学的强大体外模型，但培养物内的大小和形状多样性在很大程度上被忽视。为了简化形态学分析，我们开发了OrganoSeg，这是一款开源软件，它集成了3D培养物存档明场图像的分割、过滤和分析。OrganoSeg比现有平台更准确和灵活，我们通过对5167个乳腺癌球状体和5743个结肠癌和结直肠癌类器官形态进行分层来说明其潜力。通过形态特征异质性分组的类器官转录物富集了在原始RNA测序数据中不突出的生物过程。OrganoSeg能够对明视野表型进行完整、客观的量化，这可能会深入了解类器官调控的分子和多细胞机制。
Spheroid and organoid cultures are powerful in vitro models for biology, but size and shape diversity within the culture is largely ignored. To streamline morphometric profiling, we developed OrganoSeg, an open-source software that integrates segmentation, filtering, and analysis for archived brightfield images of 3D culture. OrganoSeg is more accurate and flexible than existing platforms, and we illustrate its potential by stratifying 5167 breast-cancer spheroid and 5743 colon and colorectal-cancer organoid morphologies. Organoid transcripts grouped by morphometric signature heterogeneity were enriched for biological processes not prominent in the original RNA sequencing data. OrganoSeg enables complete, objective quantification of brightfield phenotypes, which may give insight into the molecular and multicellular mechanisms of organoid regulation.
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影响因子：
12.3
作者：
Carpenter AE;Jones TR;Lamprecht MR;Clarke C;Kang IH;Friman O;Guertin DA;Chang JH;Lindquist RA;Moffat J;Golland P;Sabatini DM
通讯作者：
Sabatini DM
影响因子：
82.9
作者：
Huang, Ling;Holtzinger, Audrey;Muthuswamy, Senthil K.
通讯作者：
Muthuswamy, Senthil K.
影响因子：
4.8
作者：
Debnath, J;Muthuswamy, SK;Brugge, JS
通讯作者：
Brugge, JS
影响因子：
12.3
作者：
Kaczynski J;Cook T;Urrutia R
通讯作者：
Urrutia R
影响因子：
14.8
作者：
通讯作者：
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