Primique: automatic design of specific PCR primers for each sequence in a family.
Primique: automatic design of specific PCR primers for each sequence in a family.
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Primique：家庭中每个序列的特定PCR引物的自动设计。
DOI：
10.1186/1471-2105-8-369
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发表时间：
2007-10-03
影响因子：
3
通讯作者：
Lange M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fredslund J;Lange M
在许多情况下，研究人员需要一个家族中所有序列的特异性引物，使得每个引物组仅扩增其靶序列而不扩增其他序列，例如检测样品中存在的非常相似的蛋白质家族中的哪种转录因子，或设计用于鉴定病原体菌株的诊断测定。本文介绍了一种新的图形化，用户友好，快速，基于网络的工具，它解决了这个问题：它设计了特定的引物，每个序列在一个上传的集合。此外，可以上传不被任何引物对扩增的第二组序列。选择与非靶序列具有高序列相似性的引物。最后，建议的引物可以对照国家生物技术信息中心数据库检查可能的错误引发。结果显示在交互式表格中，各种引物特性以图表形式列出和显示。可以显示任何接近的匹配对齐。给定30个序列，运行时间约为20秒。可以通过以下网址访问该网站：
In many contexts, researchers need specific primers for all sequences in a family such that each primer set amplifies only its target sequence and none of the others, e.g. to detect which transcription factor out of a family of very similar proteins that is present in a sample, or to design diagnostic assays for the identification of pathogen strains. This paper presents primique, a new graphical, user-friendly, fast, web-based tool which solves the problem: It designs specific primers for each sequence in an uploaded set. Further, a secondary set of sequences not to be amplified by any primer pair may be uploaded. Primers with high sequence similarity to non-target sequences are selected against. Lastly, the suggested primers may be checked against the National Center for Biotechnology Information databases for possible mis-priming. Results are presented in interactive tables, and various primer properties are listed and displayed graphically. Any close match alignments can be displayed. Given 30 sequences, the running time of primique is about 20 seconds. primique can be reached via this web address:
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Gemprospector-杂货和草丛中跨物种遗传标记的候选者的设计。
影响因子：
14.9
作者：
Fredslund, Jakob;Madsen, Lene H.;Hougaard, Birgit K.;Sandal, Niels;Stougaard, Jens;Bertioli, David;Schauser, Leif
通讯作者：
Schauser, Leif
DOI：
10.1073/pnas.95.4.1460
发表时间：
1998-02-17
影响因子：
11.1
作者：
SantaLucia, J
通讯作者：
SantaLucia, J
影响因子：
14.9
作者：
Emrich, SJ;Lowe, M;Delcher, AL
通讯作者：
Delcher, AL
影响因子：
5.6
作者：
ALTSCHUL, SF;GISH, W;LIPMAN, DJ
通讯作者：
LIPMAN, DJ
影响因子：
5.8
作者：
Le Novère, N
通讯作者：
Le Novère, N