GeMprospector--online design of cross-species genetic marker candidates in legumes and grasses.
GeMprospector--online design of cross-species genetic marker candidates in legumes and grasses.
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Gemprospector-杂货和草丛中跨物种遗传标记的候选者的设计。
DOI：
10.1093/nar/gkl201
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发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Schauser, Leif
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fredslund, Jakob;Madsen, Lene H.;Hougaard, Birgit K.;Sandal, Niels;Stougaard, Jens;Bertioli, David;Schauser, Leif
网络程序GeMprospector（URL：）允许用户自动设计针对豆科植物或禾本科植物的大量跨物种遗传标记候选物。用户上传来自一个或多个豆类或草物种的EST集合，并将它们分别与来自其他豆类或草的同源EST和基因组序列簇的数据库进行比较。在适当的数据库中提交的EST和它们的同源物之间的多重序列比对形成了保守外显子中的自动PCR引物设计的基础，使得每个引物组扩增内含子。唯一的用户输入是EST的集合，不一定来自一个以上的物种，GeMprospector可以通过将其与大型数据库相结合来产生豆类或草的跨物种遗传标记候选物，从而提高这种EST集合的潜力。
The web program GeMprospector (URL: ) allows users to automatically design large sets of cross-species genetic marker candidates targeting either legumes or grasses. The user uploads a collection of ESTs from one or more legume or grass species, and they are compared with a database of clusters of homologous EST and genomic sequences from other legumes or grasses, respectively. Multiple sequence alignments between submitted ESTs and their homologues in the appropriate database form the basis of automated PCR primer design in conserved exons such that each primer set amplifies an intron. The only user input is a collection of ESTs, not necessarily from more than one species, and GeMprospector can boost the potential of such an EST collection by combining it with a large database to produce cross-species genetic marker candidates for legumes or grasses.
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作者：
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PRIFI：使用相关序列的多重比对来找到用于放大同源物的引物。
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