Sequence terminus dependent PCR for site-specific mutation and modification detection.
Sequence terminus dependent PCR for site-specific mutation and modification detection.
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序列末端依赖于位点特异性突变和修饰检测的PCR。
DOI：
10.1038/s41467-023-36884-4
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发表时间：
2023-03-01
影响因子：
16.6
通讯作者：
Gu, Hongchen
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xu, Gaolian;Yang, Hao;Qiu, Jiani;Reboud, Julien;Zhen, Linqing;Ren, Wei;Xu, Hong;Cooper, Jonathan M. M.;Gu, Hongchen
在特定位点检测核酸序列的变化仍然是表观遗传学、诊断学和治疗学中的关键挑战。迄今为止，此类测定通常需要大量的时间、专业知识和基础设施来实施，从而限制了其在临床环境中的应用。在这里，我们展示了一种可推广的方法，命名为特异性末端介导的聚合酶链反应（STEM-PCR），用于检测特定位点的DNA修饰，与DNA测序技术类似，但使用简单且广泛使用的基于PCR的工作流程。我们将该技术应用于位点特异性甲基化和共甲基化分析，重要的是使用无亚硫酸氢盐的过程-因此提供了易于样品处理的灵敏度，比目前的金标准技术高20倍。为了证明通过检测具有高灵敏度和与野生型背景无交叉反应的单碱基突变的临床适用性，我们展示了患者中SEPTIN 9和SFRP 2基因甲基化的无亚硫酸氢盐检测（作为肿瘤预后和诊断中的关键生物标志物）。特异性核酸修饰的快速和简便检测可以具有许多应用。在这里，作者提出了特异性末端介导的聚合酶链反应（STEM-PCR）作为一种通用的和可访问的方法，并证明了原则性癌症生物标志物检测。
The detection of changes in nucleic acid sequences at specific sites remains a critical challenge in epigenetics, diagnostics and therapeutics. To date, such assays often require extensive time, expertise and infrastructure for their implementation, limiting their application in clinical settings. Here we demonstrate a generalizable method, named Specific Terminal Mediated Polymerase Chain Reaction (STEM-PCR) for the detection of DNA modifications at specific sites, in a similar way as DNA sequencing techniques, but using simple and widely accessible PCR-based workflows. We apply the technique to both for site-specific methylation and co-methylation analysis, importantly using a bisulfite-free process - so providing an ease of sample processing coupled with a sensitivity 20-fold better than current gold-standard techniques. To demonstrate the clinical applicability through the detection of single base mutations with high sensitivity and no-cross reaction with the wild-type background, we show the bisulfite-free detection of SEPTIN9 and SFRP2 gene methylation in patients (as key biomarkers in the prognosis and diagnosis of tumours). Rapid and facile detection of specific nucleic acid modifications could have numerous applications. Here the authors present Specific Terminal Mediated Polymerase Chain Reaction (STEM-PCR) as a generic and accessible approach, and demonstrate proof-of-principle cancer biomarker detection.
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影响因子：
48
作者：
Flusberg, Benjamin A.;Webster, Dale R.;Lee, Jessica H.;Travers, Kevin J.;Olivares, Eric C.;Clark, Tyson A.;Korlach, Jonas;Turner, Stephen W.
通讯作者：
Turner, Stephen W.
影响因子：
15
作者：
SALUNKHE, M;WU, TF;LETSINGER, RL
通讯作者：
LETSINGER, RL
影响因子：
82.9
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1007/978-1-61779-316-5_3
发表时间：
2011-01-01
期刊：
EPIGENETICS PROTOCOLS, SECOND EDITION
影响因子：
--
作者：
Ku, Ja-Lok;Jeon, You-Kyung;Park, Jae-Gahb
通讯作者：
Park, Jae-Gahb
影响因子：
30.8
作者：
Kerkel, Kristi;Spadola, Alexandra;Tycko, Benjamin
通讯作者：
Tycko, Benjamin