CopraRNA and IntaRNA: predicting small RNA targets, networks and interaction domains.
CopraRNA and IntaRNA: predicting small RNA targets, networks and interaction domains.
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DOI：
10.1093/nar/gku359
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发表时间：
2014-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Backofen R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wright PR;Georg J;Mann M;Sorescu DA;Richter AS;Lott S;Kleinkauf R;Hess WR;Backofen R
CopraRNA（小 RNA 目标的比较预测算法）是 Freiburg RNA Tools 网络服务器的最新资产。它整合并扩展了现有工具 IntaRNA（相互作用 RNA）的功能，以预测目标、相互作用域，从而预测细菌小 RNA 分子的调控网络。 CopraRNA 预测结果伴随着广泛的后处理方法，例如功能富集分析和相互作用区域的可视化。在这里，我们介绍了 CopraRNA 和 IntaRNA 网络服务器的功能，并对其后处理功能进行了详细说明。这两个工具都可以在 http://rna.informatik.uni-freiburg.de 上免费访问。
CopraRNA (Comparative prediction algorithm for small RNA targets) is the most recent asset to the Freiburg RNA Tools webserver. It incorporates and extends the functionality of the existing tool IntaRNA (Interacting RNAs) in order to predict targets, interaction domains and consequently the regulatory networks of bacterial small RNA molecules. The CopraRNA prediction results are accompanied by extensive postprocessing methods such as functional enrichment analysis and visualization of interacting regions. Here, we introduce the functionality of the CopraRNA and IntaRNA webservers and give detailed explanations on their postprocessing functionalities. Both tools are freely accessible at http://rna.informatik.uni-freiburg.de.
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影响因子：
14.9
作者：
Sorescu DA;Möhl M;Mann M;Backofen R;Will S
通讯作者：
Will S
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts251
发表时间：
2012-07-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Jiao X;Sherman BT;Huang da W;Stephens R;Baseler MW;Lane HC;Lempicki RA
通讯作者：
Lempicki RA
影响因子：
4.1
作者：
Richter AS;Backofen R
通讯作者：
Backofen R
DOI：
10.1073/pnas.1015154108
发表时间：
2011-02-01
影响因子：
11.1
作者：
Mitschke, Jan;Georg, Jens;Hess, Wolfgang R.
通讯作者：
Hess, Wolfgang R.
DOI：
10.1186/1748-7188-6-26
发表时间：
2011-11-24
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Lorenz R;Bernhart SH;Höner Zu Siederdissen C;Tafer H;Flamm C;Stadler PF;Hofacker IL
通讯作者：
Hofacker IL