GeneCodis: interpreting gene lists through enrichment analysis and integration of diverse biological information.
GeneCodis: interpreting gene lists through enrichment analysis and integration of diverse biological information.
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DOI：
10.1093/nar/gkp416
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发表时间：
2009-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Pascual-Montano A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nogales-Cadenas R;Carmona-Saez P;Vazquez M;Vicente C;Yang X;Tirado F;Carazo JM;Pascual-Montano A
GeneCodis是一个用于基因列表功能分析的Web服务器应用程序，它集成了不同的信息源，并找到了相互关联的注释的模块模式。事实证明，这种综合方法对解释高通量实验是有用的，因此开发了新版本的系统，以扩大其功能和范围。GeneCodis现在用管理模式和用户定义的注释扩展了功能信息，提供了在同一分析中集成所有信息源的可能性。传统的单一浓缩现在是允许的，数据库中增加了更多的生物和基因识别符。该应用程序已重新设计，以提高性能、可访问性和可伸缩性。此外，现在可以通过公共的SOAP Web服务接口访问GeneCodis，使用户能够从他们自己的脚本和工作流中执行分析。该应用程序可在http://genecodis.dacya.ucm.es上免费获得
GeneCodis is a web server application for functional analysis of gene lists that integrates different sources of information and finds modular patterns of interrelated annotations. This integrative approach has proved to be useful for the interpretation of high-throughput experiments and therefore a new version of the system has been developed to expand its functionality and scope. GeneCodis now expands the functional information with regulatory patterns and user-defined annotations, offering the possibility of integrating all sources of information in the same analysis. Traditional singular enrichment is now permitted and more organisms and gene identifiers have been added to the database. The application has been re-engineered to improve performance, accessibility and scalability. In addition, GeneCodis can now be accessed through a public SOAP web services interface, enabling users to perform analysis from their own scripts and workflows. The application is freely available at http://genecodis.dacya.ucm.es
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影响因子：
14.9
作者：
Kanehisa M;Araki M;Goto S;Hattori M;Hirakawa M;Itoh M;Katayama T;Kawashima S;Okuda S;Tokimatsu T;Yamanishi Y
通讯作者：
Yamanishi Y
影响因子：
3
作者：
Carmona-Saez, P;Chagoyen, M;Pascual-Montano, A
通讯作者：
Pascual-Montano, A
Mirbase：MicroRNA基因组学的工具。
影响因子：
14.9
作者：
Griffiths-Jones, Sam;Saini, Harpreet Kaur;van Dongen, Stijn;Enright, Anton J.
通讯作者：
Enright, Anton J.
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作者：
Lee, TI;Rinaldi, NJ;Young, RA
通讯作者：
Young, RA
影响因子：
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作者：
Huang, Da Wei;Sherman, Brad T.;Lempicki, Richard A.
通讯作者：
Lempicki, Richard A.