PhyleasProg: a user-oriented web server for wide evolutionary analyses.
PhyleasProg: a user-oriented web server for wide evolutionary analyses.
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DOI：
10.1093/nar/gkr243
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Pascal G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Busset J;Cabau C;Meslin C;Pascal G
生物数据的进化分析正在成为生物学许多领域的先决条件。在高通量数据分析的时代，基因组学通常是生物学家理解、比较和鉴定序列功能的必要补充工具。但现有的生物信息学工具往往不容易为非专业人士使用。我们开发了PhyleasProg（http：phyleasprog.inra.fr），这是一个用户友好的Web服务器，作为专用于进化分析的交钥匙工具。PhyleasProg可以帮助在进化方法学方面经验很少的生物学家，通过使用与可靠标准相对应的方法，以简单而可靠的方式分析他们的数据。通过一个非常直观的Web界面，用户只需要输入Ensembl蛋白ID列表和物种列表作为输入。在动态计算之后，用户可以访问系统发育树、阳性/纯化选择数据（在位点和分支位点模型），并在蛋白质序列和3D结构模型上显示这些结果，以及相关基因的同线性环境。遗传学不同领域之间的这种联系为发现蛋白质的功能和结构开辟了新的生物分析方法。
Evolutionary analyses of biological data are becoming a prerequisite in many fields of biology. At a time of high-throughput data analysis, phylogenetics is often a necessary complementary tool for biologists to understand, compare and identify the functions of sequences. But available bioinformatics tools are frequently not easy for non-specialists to use. We developed PhyleasProg (http://phyleasprog.inra.fr), a user-friendly web server as a turnkey tool dedicated to evolutionary analyses. PhyleasProg can help biologists with little experience in evolutionary methodologies by analysing their data in a simple and robust way, using methods corresponding to robust standards. Via a very intuitive web interface, users only need to enter a list of Ensembl protein IDs and a list of species as inputs. After dynamic computations, users have access to phylogenetic trees, positive/purifying selection data (on site and branch-site models), with a display of these results on the protein sequence and on a 3D structure model, and the synteny environment of related genes. This connection between different domains of phylogenetics opens the way to new biological analyses for the discovery of the function and structure of proteins.
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