MimoDB: a new repository for mimotope data derived from phage display technology.
MimoDB: a new repository for mimotope data derived from phage display technology.
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MimoDB：源自噬菌体展示技术的模拟表位数据的新存储库
DOI：
10.3390/molecules15118279
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发表时间：
2010-11-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Wang X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ru B;Huang J;Dai P;Li S;Xia Z;Ding H;Lin H;Guo F;Wang X
从噬菌体展示的随机肽库中选择的肽有两个方面的价值。一方面，这些肽是新诊断、治疗和疫苗的候选肽。另一方面，它们可用于预测蛋白质-蛋白质相互作用的网络或位点。 MimoDB 是这些肽的新存储库，其中从 571 篇出版物中收集的 10,716 个肽被分为 1,229 组。除了肽序列外，还包括其他重要信息，例如靶标、模板、文库和复杂结构。 MimoDB 可以通过用户友好的网络界面进行浏览和搜索。对于计算生物学家来说，MimoDB 可用于导出定制的数据集和基准，这对于新算法开发和工具评估非常有用。对于实验生物学家来说，他们的结果可以根据 MimoDB 数据库进行搜索，以排除可能的与目标无关的肽。 MimoDB 数据库可通过 http://immunet.cn/mimodb/ 免费访问。
Peptides selected from phage-displayed random peptide libraries are valuable in two aspects. On one hand, these peptides are candidates for new diagnostics, therapeutics and vaccines. On the other hand, they can be used to predict the networks or sites of protein-protein interactions. MimoDB, a new repository for these peptides, was developed, in which 10,716 peptides collected from 571 publications were grouped into 1,229 sets. Besides peptide sequences, other important information, such as the target, template, library and complex structure, was also included. MimoDB can be browsed and searched through a user-friendly web interface. For computational biologists, MimoDB can be used to derive customized data sets and benchmarks, which are useful for new algorithm development and tool evaluation. For experimental biologists, their results can be searched against the MimoDB database to exclude possible target-unrelated peptides. The MimoDB database is freely accessible at http://immunet.cn/mimodb/.
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