SAROTUP: scanner and reporter of target-unrelated peptides.
SAROTUP: scanner and reporter of target-unrelated peptides.
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DOI：
10.1155/2010/101932
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发表时间：
2010
影响因子：
--
通讯作者：
Guo FB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang J;Ru B;Li S;Lin H;Guo FB
作为表位模拟物，模拟表位已被广泛应用于表位预测的研究和新的诊断、治疗和疫苗的开发。利用噬菌体展示技术或其他表面展示技术构建随机肽库，为筛选模拟表位提供了一种简便有效的途径。然而，靶不相关的肽通过与污染物或筛选系统的其他组分结合而不时地进入模拟表位。在这项研究中，我们提出了SAROTUP，一个免费的网络工具，用于扫描，报告和排除可能的目标无关的肽从真实的模拟表位。初步测试表明，SAROTUP是有效的，能够提高基于模拟表位的表位定位的准确性。它也有助于基于模拟表位的诊断、治疗和疫苗的开发。
As epitope mimics, mimotopes have been widely utilized in the study of epitope prediction and the development of new diagnostics, therapeutics, and vaccines. Screening the random peptide libraries constructed with phage display or any other surface display technologies provides an efficient and convenient approach to acquire mimotopes. However, target-unrelated peptides creep into mimotopes from time to time through binding to contaminants or other components of the screening system. In this study, we present SAROTUP, a free web tool for scanning, reporting and excluding possible target-unrelated peptides from real mimotopes. Preliminary tests show that SAROTUP is efficient and capable of improving the accuracy of mimotope-based epitope mapping. It is also helpful for the development of mimotope-based diagnostics, therapeutics, and vaccines.
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影响因子：
8
作者：
Halperin, I;Wolfson, H;Nussinov, R
通讯作者：
Nussinov, R
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作者：
Moreau, V;Granier, C;Molina, F
通讯作者：
Molina, F
影响因子：
4.4
作者：
Riemer, Angelika B.;Jensen-Jarolim, Erika
通讯作者：
Jensen-Jarolim, Erika
影响因子：
14.9
作者：
Hulo N;Bairoch A;Bulliard V;Cerutti L;Cuche BA;de Castro E;Lachaize C;Langendijk-Genevaux PS;Sigrist CJ
通讯作者：
Sigrist CJ
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作者：
Knittelfelder R;Riemer AB;Jensen-Jarolim E
通讯作者：
Jensen-Jarolim E