A high-resolution cucumber cytogenetic map integrated with the genome assembly.
A high-resolution cucumber cytogenetic map integrated with the genome assembly.
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与基因组组装整合的高分辨率黄瓜细胞遗传学图谱
DOI：
10.1186/1471-2164-14-461
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发表时间：
2013-07-09
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Han Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sun J;Zhang Z;Zong X;Huang S;Li Z;Han Y
高分辨率细胞遗传学图谱不仅可以提供基因组组织的重要生物学信息，而且可以为遗传和基因组研究奠定坚实的基础。分子和细胞遗传学研究的进展为开发黄瓜（Cucumis sativus L.）细胞遗传学图谱奠定了基础。在这里，通过对黄瓜粗线期染色体进行荧光原位杂交 (FISH) 分析，构建了 4 条黄瓜染色体（染色体 1、3-5）的细胞遗传学图谱。与我们之前构建的三个黄瓜染色体（染色体 2、6-7）的细胞遗传学图谱一起，黄瓜拥有完整的细胞遗传学图谱，在遗传、细胞遗传学和基因组组装草图之间有 76 个锚定点。为了将我们的粗线期 FISH 图谱直接与遗传连锁和草图基因组组装图谱进行比较，我们使用标准化图谱单位——相对图谱位置 (RMP) 来生成比较图谱比对。通过比对，可以全面了解沿每个黄瓜染色体的遗传和物理距离的关系，以及基因组组装图草图的准确性和覆盖范围。我们证明了连锁图中标记的位置与物理图谱之间存在良好的相关性，并且基因组组装草图基本上完全覆盖了染色体臂。我们的研究不仅为改进序列组装提供了必要的信息，而且为黄瓜基因组学研究、比较基因组学和进化研究提供了分子工具。
High-resolution cytogenetic map can provide not only important biological information on genome organization but also solid foundation for genetic and genomic research. The progress in the molecular and cytogenetic studies has created the basis for developing the cytogenetic map in cucumber (Cucumis sativus L.). Here, the cytogenetic maps of four cucumber chromosomes (chromosomes 1, 3–5) were constructed by fluorescence in situ hybridization (FISH) analysis on cucumber pachytene chromosomes. Together with our previously constructed cytogenetic maps of three cucumber chromosomes (chromosomes 2, 6–7), cucumber has a complete cytogenetic map with 76 anchoring points between the genetic, the cytogenetic and the draft genome assembly maps. To compare our pachytene FISH map directly to the genetic linkage and draft genome assembly maps, we used a standardized map unit—relative map position (RMP) to produce the comparative map alignments. The alignments allowed a global view of the relationship of genetic and physical distances along each cucumber chromosome, and accuracy and coverage of the draft genome assembly map. We demonstrated a good correlation between positions of the markers in the linkage and physical maps, and essentially complete coverage of chromosome arms by the draft genome assembly. Our study not only provides essential information for the improvement of sequence assembly but also offers molecular tools for cucumber genomics research, comparative genomics and evolutionary study.
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影响因子：
3.7
作者：
Ren Y;Zhang Z;Liu J;Staub JE;Han Y;Cheng Z;Li X;Lu J;Miao H;Kang H;Xie B;Gu X;Wang X;Du Y;Jin W;Huang S
通讯作者：
Huang S
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作者：
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Schweizer, Dieter