Highly identical cassettes of gene regulatory elements, genomically repetitive and present in RNA.
Highly identical cassettes of gene regulatory elements, genomically repetitive and present in RNA.
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高度相同的基因调控元件盒，基因组重复且存在于 RNA 中。
DOI：
10.1073/pnas.90.22.10851
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发表时间：
1993
影响因子：
11.1
通讯作者：
Stuebing,EW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nemer,M;Bai,G;Stuebing,EW
海胆球海胆金属硫蛋白编码基因（SpMTA基因）第一内含子中的一个区域调节其5'启动子活性。在这个区域内是一个290 bp的六个序列基序的盒子，存在于这个物种的其他基因中，并被定位为作为调控元件。该盒在基因组中以高多样性存在，用于筛选基因组DNA克隆。其中，6个不同的个人进行了部分测序，发现有94%的片段相同的290 bp的盒在SpMTA基因。它们接下来的80个碱基对与SpMTA序列不同，但在六个非SpMTA克隆中高度相同，并且包含额外的调节基序。因此，这些不同的克隆含有370 bp的盒的整体94%的序列同一性和7个调控元件的表观内容。调节盒是转座子样的，只要高度相同区域的末端由24- 25-bp反向重复序列组成，在发散区域中由6- 9-bp正向重复序列包围。除了在SpMTA内含子的转录本中，该盒还在其他海胆胚胎poly（A）+RNA、卵和胚胎中发现，并在pluteus外胚层中富集。该盒序列以中等丰度存在于有义和反义方向的转录物中。我们报告了一个转座子样盒的调控元件，也是在RNA中，这可能会从以前描述的转座子不同的功能。
A region in the first intron of a metallothionein-encoding gene of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus (SpMTA gene) regulates its 5' promoter activity. Within this region is a 290-bp cassette of six sequence motifs that are present in other genes in this species and posited to operate as regulatory elements. The cassette, present at high multiplicity in the genome, was used to screen genomic DNA clones. Of these, six diverse individuals were partially sequenced and found to have segments 94% identical to the 290-bp cassette in the SpMTA gene. Their next 80 bp diverged from the SpMTA sequence but were highly identical among the six non-SpMTA clones and contained an additional regulatory motif. These diverse clones thus contained 370-bp cassettes of an overall 94% sequence identity and an apparent content of seven regulatory elements. The regulatory cassettes were transposon-like, insofar as the termini of the highly identical regions consisted of 24- to 25-bp inverted repeats, bracketed by 6- to 9-bp direct repeats in the divergent regions. In addition to being in transcripts of the SpMTA intron, the cassette was found in other sea urchin embryo poly(A)+ RNAs, in eggs and embryos, and enriched in pluteus ectoderm. The cassette sequence was present in moderate abundance in transcripts in both sense and antisense orientation. We report the presence of a transposon-like cassette of regulatory elements that is also represented in RNA, which potentially could function differently from previously described transposons.
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