GC3 biology in corn, rice, sorghum and other grasses.
GC3 biology in corn, rice, sorghum and other grasses.
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DOI：
10.1186/1471-2164-11-308
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发表时间：
2010-05-16
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Feldmann KA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tatarinova TV;Alexandrov NN;Bouck JB;Feldmann KA
密码子中的第三个位置，或摆动位置，提供了高度的可能简并性，并且是一种优雅的容错机制。生物体之间在摆动位置的核苷酸偏差已被记录，并与互补tRNA的丰度相关。我们和其他人已经注意到，在一个单一的生物体内的转录物的子集中，胞嘧啶和鸟嘌呤在第三位置上的偏好。这种偏好存在于一些植物物种和温血脊椎动物中，但不是所有植物，或无脊椎动物或冷血脊椎动物。在这里，我们证明了在某些生物体中，摆动位置（GC 3）的GC量可以用来区分两类基因。我们强调了具有高GC 3含量的基因的以下特征：它们（1）提供更多的甲基化靶点，（2）表现出更多的可变表达，（3）更频繁地拥有上游TATA盒，（4）在某些类别的基因中占主导地位（例如，胁迫响应基因）和（5）具有从5 ′到3 ′增加的GC 3含量。这些观察使我们制定了一个假设来解释GC 3双峰草。我们的研究结果表明，高水平的GC 3代表一类基因，其表达通过DNA甲基化调节，或者是通过基因转换加速进化的遗产。我们讨论了三个最可能的解释GC3双峰：偏见的基因转换，转录和翻译的优势和基因甲基化。
The third, or wobble, position in a codon provides a high degree of possible degeneracy and is an elegant fault-tolerance mechanism. Nucleotide biases between organisms at the wobble position have been documented and correlated with the abundances of the complementary tRNAs. We and others have noticed a bias for cytosine and guanine at the third position in a subset of transcripts within a single organism. The bias is present in some plant species and warm-blooded vertebrates but not in all plants, or in invertebrates or cold-blooded vertebrates. Here we demonstrate that in certain organisms the amount of GC at the wobble position (GC3) can be used to distinguish two classes of genes. We highlight the following features of genes with high GC3 content: they (1) provide more targets for methylation, (2) exhibit more variable expression, (3) more frequently possess upstream TATA boxes, (4) are predominant in certain classes of genes (e.g., stress responsive genes) and (5) have a GC3 content that increases from 5'to 3'. These observations led us to formulate a hypothesis to explain GC3 bimodality in grasses. Our findings suggest that high levels of GC3 typify a class of genes whose expression is regulated through DNA methylation or are a legacy of accelerated evolution through gene conversion. We discuss the three most probable explanations for GC3 bimodality: biased gene conversion, transcriptional and translational advantage and gene methylation.
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DOI：
10.1073/pnas.96.8.4482
发表时间：
1999-04-13
影响因子：
11.1
作者：
Duret, L;Mouchiroud, D
通讯作者：
Mouchiroud, D
影响因子：
3.5
作者：
D'Onofrio, Giuseppe;Ghosh, Tapash Chandra;Saccone, Salvatore
通讯作者：
Saccone, Salvatore
影响因子：
3.3
作者：
Dvorak, J;Yang, ZL;Luo, MC
通讯作者：
Luo, MC
DOI：
10.1016/j.bbrc.2007.12.155
发表时间：
2008-03-14
影响因子：
3.1
作者：
Arhondakis, Stiliano's;Clay, Oliver;Bernardi, Giorgio
通讯作者：
Bernardi, Giorgio
影响因子：
64.8
作者：
COULONDRE, C;MILLER, JH;GILBERT, W
通讯作者：
GILBERT, W