Using a Whole Genome Co-expression Network to Inform the Functional Characterisation of Predicted Genomic Elements from Mycobacterium tuberculosis Transcriptomic Data
Using a Whole Genome Co-expression Network to Inform the Functional Characterisation of Predicted Genomic Elements from Mycobacterium tuberculosis Transcriptomic Data
复制标题
使用全基因组共表达网络来了解结核分枝杆菌转录组数据预测基因组元件的功能特征
DOI：
10.1101/2022.06.22.497203
复制
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Stiens J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stiens J
一个全基因组共表达网络是使用结核分枝杆菌的转录数据创建的，这些数据来自可公开获得的涵盖各种实验条件的RNA测序实验。该网络包括没有正式注释的表达区域，包括假定的短RNA和表达转录本的未翻译区域，以及蛋白质编码基因。这些未加注释的表达转录本是模组子网络中连接最紧密的成员之一，构成了模块中一半以上的“中枢”元件，其中包括已知的蛋白质编码基因，这些基因是参与压力反应和宿主适应的调控系统的一部分。这个数据集为研究非编码RNA和保守的假设蛋白质在转录重构中的作用提供了有价值的资源。根据它们与已知功能群基因的联系以及与复制宿主条件的相关性，预测的表达转录本可以作为进一步实验验证的合适候选者。
A whole genome co‐expression network was created usingMycobacterium tuberculosistranscriptomic data from publicly available RNA‐sequencing experiments covering a wide variety of experimental conditions. The network includes expressed regions with no formal annotation, including putative short RNAs and untranslated regions of expressed transcripts, along with the protein‐coding genes. These unannotated expressed transcripts were among the best‐connected members of the module sub‐networks, making up more than half of the ‘hub’ elements in modules that include protein‐coding genes known to be part of regulatory systems involved in stress response and host adaptation. This data set provides a valuable resource for investigating the role of non‐coding RNA, and conserved hypothetical proteins, in transcriptomic remodelling. Based on their connections to genes with known functional groupings and correlations with replicated host conditions, predicted expressed transcripts can be screened as suitable candidates for further experimental validation.
登录
查看更多内容
影响因子：
11.3
作者：
Ponath, Falk;Hoer, Jens;Vogel, Joerg
通讯作者：
Vogel, Joerg
影响因子：
3.2
作者：
Voskuil, MI;Visconti, KC;Schoolnik, GK
通讯作者：
Schoolnik, GK
影响因子：
6.7
作者：
Solans L;Gonzalo-Asensio J;Sala C;Benjak A;Uplekar S;Rougemont J;Guilhot C;Malaga W;Martín C;Cole ST
通讯作者：
Cole ST
影响因子：
5.2
作者：
Vargas-Blanco DA;Shell SS
通讯作者：
Shell SS
影响因子：
8
作者：
Kanehisa, Minoru;Sato, Yoko;Kawashima, Masayuki
通讯作者：
Kawashima, Masayuki