Droplet digital PCR is an accurate method to assess methylation status on FFPE samples.
Droplet digital PCR is an accurate method to assess methylation status on FFPE samples.
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DOI：
10.1080/15592294.2018.1448679
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Stuyver L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Van Wesenbeeck L;Janssens L;Meeuws H;Lagatie O;Stuyver L
大多数可用于癌症研究的组织样本都以福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本的形式存档。然而，固定过程和较长的保存时间会导致DNA片段化，阻碍表观基因组分析。最近出现了利用滴状数字聚合酶链式反应(DdPCR)检测DNA甲基化的方法。在这项研究中，我们通过靶向一系列稀释度的对照DNA，将优化的ddPCR方法与传统的qPCR方法进行比较。此外，我们将ddPCR技术与Infinium阵列在一组结肠腺瘤FFPE样本上针对两个不同的CpG位点的结果进行了比较。我们的数据表明，在高DNA投入的稀释对照中，qPCR和ddPCR评估甲基化状态同样好。然而，使用ddPCR对低输入样本的甲基化检测更准确。建议的引物设计(甲基化无关的引物，只扩增转化的DNA靶标)将允许甲基化检测，而不依赖于亚硫酸氢盐的转化效率。这些数据表明，ddPCR可以用于对具有广泛DNA输入范围的FFPE样本进行甲基化分析，并且分析的精确度在很大程度上取决于可扩增DNA片段的总量。由于ddPCR技术的可及性及其对高DNA和低DNA输入样本的准确性，我们建议使用这种方法来研究降解的FFPE样本。
Most tissue samples available for cancer research are archived as formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples. However, the fixation process and the long storage duration lead to DNA fragmentation and hinder epigenome analysis. The use of droplet digital PCR (ddPCR) to detect DNA methylation has recently emerged. In this study, we compare an optimized ddPCR assay with a conventional qPCR assay by targeting a dilution series of control DNA. In addition, we compare the ddPCR technology with results from Infinium arrays targeting two separate CpG sites on a set of colon adenoma FFPE samples. Our data demonstrate that qPCR and ddPCR assess methylation status equally well on dilution controls with a high DNA input. However, the methylation detection on low-input samples is more accurate using ddPCR. The proposed primer design (methylation-independent primers with amplification of solely the converted DNA target) will allow for methylation detection, independent of bisulfite conversion efficiency. Those data show that ddPCR can be used for methylation analysis on FFPE samples with a wide range of DNA input and that the precision of the assay depends largely on the total amount of amplifiable DNA fragments. Due to accessibility of the ddPCR technology and its accuracy on high- as well as low-DNA input samples, we propose the use of this approach for studies involving degraded FFPE samples.
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影响因子：
9.5
作者：
Dedeurwaerder S;Defrance M;Bizet M;Calonne E;Bontempi G;Fuks F
通讯作者：
Fuks F
影响因子：
3.3
作者：
Hayashi, Masamichi;Guerrero-Preston, Rafael;Koch, Wayne M.
通讯作者：
Koch, Wayne M.
影响因子：
48
作者：
Rand AC;Jain M;Eizenga JM;Musselman-Brown A;Olsen HE;Akeson M;Paten B
通讯作者：
Paten B
DOI：
10.1038/nrn.2017.46
发表时间：
2017-05-18
期刊：
Nature reviews. Neuroscience
影响因子：
--
作者：
Hwang JY;Aromolaran KA;Zukin RS
通讯作者：
Zukin RS
影响因子：
5.7
作者：
Dirks RA;Stunnenberg HG;Marks H
通讯作者：
Marks H