LncGSEA: a versatile tool to infer lncRNA associated pathways from large-scale cancer transcriptome sequencing data.
LncGSEA: a versatile tool to infer lncRNA associated pathways from large-scale cancer transcriptome sequencing data.
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DOI：
10.1186/s12864-021-07900-y
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发表时间：
2021-07-27
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Yang R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ren Y;Wang TY;Anderton LC;Cao Q;Yang R
长非编码 RNA (lncRNA) 日益成为癌症研究的焦点。破译受 lncRNA 影响的通路对于了解它们在癌症中的作用非常重要。尽管敲除或过度表达 lncRNA，然后在癌细胞系中进行基因表达谱分析是解决这一问题的既定方法，但大多数带注释的 lncRNA 无法获得这些实验数据。作为替代品，我们提出了 lncGSEA，这是一种方便的工具，可以通过对大规模癌症患者样本的基因表达谱进行基因集富集分析来预测 lncRNA 相关通路。我们证明，lncGSEA 能够重现多种癌症类型中文献和实验验证所支持的 lncRNA 相关通路。 LncGSEA 允许研究人员直接从肿瘤学临床样本推断 lncRNA 调控途径。 LncGSEA 是用 R 编写的，可以在 https://github.com/ylab-hi/lncGSEA 上免费访问。在线版本包含可在 10.1186/s12864-021-07900-y 获取的补充材料。
Long non-coding RNAs (lncRNAs) are a growing focus in cancer research. Deciphering pathways influenced by lncRNAs is important to understand their role in cancer. Although knock-down or overexpression of lncRNAs followed by gene expression profiling in cancer cell lines are established approaches to address this problem, these experimental data are not available for a majority of the annotated lncRNAs. As a surrogate, we present lncGSEA, a convenient tool to predict the lncRNA associated pathways through Gene Set Enrichment Analysis of gene expression profiles from large-scale cancer patient samples. We demonstrate that lncGSEA is able to recapitulate lncRNA associated pathways supported by literature and experimental validations in multiple cancer types. LncGSEA allows researchers to infer lncRNA regulatory pathways directly from clinical samples in oncology. LncGSEA is written in R, and is freely accessible at https://github.com/ylab-hi/lncGSEA. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12864-021-07900-y.
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