A rapid and sensitive assay for quantification of siRNA efficiency and specificity.
A rapid and sensitive assay for quantification of siRNA efficiency and specificity.
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DOI：
10.1251/bpo99
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发表时间：
2005
影响因子：
6.4
通讯作者：
Riley PR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Smart N;Scambler PJ;Riley PR
RNA干扰已迅速成为一种有效的程序敲低基因表达的模型系统。然而，交叉反应性，其中多个基因可以同时靶向由一个短的干扰RNA（siRNA），可能会危及正确的基因功能的解释。因此，在进行完整的表型分析之前，必须测试siRNA的特异性。为此，我们采用了一种基于荧光素酶的测定法，利用荧光素酶活性的灵敏度来提供相对RNAi功效和特异性的定量读数。我们测试了针对胸腺素β4（Tβ4）的不同siRNA;确定了它们沉默Tβ4的有效性，并排除了Tβ4同源物胸腺素β10（Tβ10）的脱靶沉默，并证明了尽管存在显著（12/23; 52%）序列错配，但Tβ10仍部分敲低。该测定系统适用于存在靶向同源基因风险的任何RNAi研究，并适用于在微阵列表达谱分析后在基因组水平上监测脱靶效应。
RNA Interference has rapidly emerged as an efficient procedure for knocking down gene expression in model systems. However, cross-reactivity, whereby multiple genes may be simultaneously targeted by a single short interfering RNA (siRNA), can potentially jeopardize correct interpretation of gene function. As such, it is essential to test the specificity of a siRNA prior to a full phenotypic analysis. To this end, we have adapted a reporter-based assay harnessing the sensitivity of luciferase activity to provide a quantitative readout of relative RNAi efficacy and specificity. We have tested different siRNAs directed against Thymosin β4 (Tβ4); determined their effectiveness at silencing Tβ4 and have both excluded off-target silencing of the Tβ4 homologue Thymosin β10 (Tβ10) and demonstrated partial knockdown of Tβ10 despite significant (12/23; 52%) sequence mismatch. This assay system is applicable to any RNAi study where there is a risk of targeting homologous genes and to the monitoring of off-target effects at the genome level following microarray expression profiling.
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影响因子：
46.9
作者：
Jackson, AL;Bartz, SR;Linsley, PS
通讯作者：
Linsley, PS
DOI：
10.1073/pnas.1630797100
发表时间：
2003-08-19
影响因子：
11.1
作者：
Zeng, Y;Yi, R;Cullen, BR
通讯作者：
Cullen, BR
DOI：
10.1073/pnas.222406899
发表时间：
2002-11-12
影响因子：
11.1
作者：
Martinez, LA;Naguibneva, I;Harel-Bellan, A
通讯作者：
Harel-Bellan, A
影响因子：
6.1
作者：
Cui, WW;Ning, JC;Duncan, MK
通讯作者：
Duncan, MK
影响因子：
14.9
作者：
Amarzguioui, M;Holen, T;Prydz, H
通讯作者：
Prydz, H