ModBase, a database of annotated comparative protein structure models, and associated resources.
ModBase, a database of annotated comparative protein structure models, and associated resources.
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DOI：
10.1093/nar/gkq1091
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Sali A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pieper U;Webb BM;Barkan DT;Schneidman-Duhovny D;Schlessinger A;Braberg H;Yang Z;Meng EC;Pettersen EF;Huang CC;Datta RS;Sampathkumar P;Madhusudhan MS;Sjölander K;Ferrin TE;Burley SK;Sali A
ModBase (http://salilab.org/modbase) 是一个带注释的比较蛋白质结构模型的数据库。模型由 ModPipe 计算，ModPipe 是一个自动建模流程，主要依赖 Modeller 进行折叠分配、序列结构比对、模型构建和模型评估 (http://salilab.org/modeller/)。 ModBase 目前包含 2 421 920 个独特蛋白质序列中的 10 355 444 个可靠模型。 ModBase 允许用户按需更新比较模型，并通过 ModWeb 建模服务器 (http://salilab.org/modweb) 的接口请求附加序列的建模。 ModBase 模型可通过 ModBase 界面以及蛋白质模型门户 (http://www. Proteinmodelportal.org/) 获得。最近开发的相关资源包括用于多序列和结构比对的 SALIGN 服务器 (http://salilab.org/salign)、用于预测蛋白质结构模型准确性的 ModEval 服务器 (http://salilab.org/modeval)、用于预测哪些肽与给定蛋白质结合的 PCSS 服务器 (http://salilab.org/pcss) 以及用于计算和拟合小角度 X 射线散射剖面的 FoXS 服务器（http://salilab.org/foxs）。
ModBase (http://salilab.org/modbase) is a database of annotated comparative protein structure models. The models are calculated by ModPipe, an automated modeling pipeline that relies primarily on Modeller for fold assignment, sequence–structure alignment, model building and model assessment (http://salilab.org/modeller/). ModBase currently contains 10 355 444 reliable models for domains in 2 421 920 unique protein sequences. ModBase allows users to update comparative models on demand, and request modeling of additional sequences through an interface to the ModWeb modeling server (http://salilab.org/modweb). ModBase models are available through the ModBase interface as well as the Protein Model Portal (http://www.proteinmodelportal.org/). Recently developed associated resources include the SALIGN server for multiple sequence and structure alignment (http://salilab.org/salign), the ModEval server for predicting the accuracy of protein structure models (http://salilab.org/modeval), the PCSS server for predicting which peptides bind to a given protein (http://salilab.org/pcss) and the FoXS server for calculating and fitting Small Angle X-ray Scattering profiles (http://salilab.org/foxs).
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