KaKs_Calculator 3.0: Calculating Selective Pressure on Coding and Non-coding Sequences.
KaKs_Calculator 3.0: Calculating Selective Pressure on Coding and Non-coding Sequences.
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KaKs_calculator 3.0：计算编码和非编码序列的选择压力
DOI：
10.1016/j.gpb.2021.12.002
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发表时间：
2022-06
影响因子：
9.5
通讯作者：
Zhang, Zhang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang, Zhang
KaKs_Calculator 3.0是一款经过更新的工具包，能够计算编码序列和非编码序列所受的选择压力。与编码序列的非同义/同义替换率比值类似，非编码序列所受的选择压力可以通过非编码核苷酸替换率与相邻编码序列同义替换率的比值来量化。经实证数据验证，KaKs_Calculator 3.0在检测作用于分子序列的选择强度和模式方面行之有效，从而显示出其在全基因组范围内扫描不同序列的自然选择情况以及识别全基因组尺度潜在功能元件的巨大潜力。KaKs_Calculator 3.0软件包仅面向学术用途免费提供，获取网址为https://ngdc.cncb.ac.cn/biocode/tools/BT000001 。
KaKs_Calculator 3.0 is an updated toolkit that is capable of calculating selective pressure on both coding and non-coding sequences. Similar to the nonsynonymous/synonymous substitution rate ratio for coding sequences, selection on non-coding sequences can be quantified as the ratio of non-coding nucleotide substitution rate to synonymous substitution rate of adjacent coding sequences. As testified on empirical data, KaKs_Calculator 3.0 shows effectiveness to detect the strength and mode of selection operated on molecular sequences, accordingly demonstrating its great potential to achieve genome-wide scan of natural selection on diverse sequences and identification of potentially functional elements at a whole-genome scale. The package of KaKs_Calculator 3.0 is freely available for academic use only at https://ngdc.cncb.ac.cn/biocode/tools/BT000001.
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DOI：
10.1038/nrc.2017.99
发表时间：
2018-01
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
Anastasiadou E;Jacob LS;Slack FJ
通讯作者：
Slack FJ
影响因子：
11.4
作者：
Hurst, LD;Smith, NGC
通讯作者：
Smith, NGC
影响因子：
14.9
作者：
Liu L;Li Z;Liu C;Zou D;Li Q;Feng C;Jing W;Luo S;Zhang Z;Ma L
通讯作者：
Ma L
影响因子：
10.7
作者：
Katoh K;Standley DM
通讯作者：
Standley DM
影响因子：
14.9
作者：
Li, Wenjun;O'Neill, Kathleen R.;Thibaud-Nissen, Francoise
通讯作者：
Thibaud-Nissen, Francoise