LncRNAWiki 2.0: a knowledgebase of human long non-coding RNAs with enhanced curation model and database system.
LncRNAWiki 2.0: a knowledgebase of human long non-coding RNAs with enhanced curation model and database system.
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DOI：
10.1093/nar/gkab998
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发表时间：
2022-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Ma L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu L;Li Z;Liu C;Zou D;Li Q;Feng C;Jing W;Luo S;Zhang Z;Ma L
LncRNAWiki是一个人类长链非编码rna （lncRNAs）的知识库，通过纳入更多经过实验验证的lncRNAs，该知识库已经迅速扩展。由于它是基于MediaWiki作为数据库系统构建的，因此无法对数据进行结构化管理，无法支持对lncrna的系统探索。本文介绍了LncRNAWiki 2.0 (https://ngdc.cncb.ac.cn/lncrnawiki)，它在数据库系统和策展模型上有了显著的改进。在LncRNAWiki 2.0中，所有内容都是由MySQL/Java以结构化的方式组织的，管理员可以根据包含更广泛注释项的管理模型提交/编辑注释。此外，它还配备了流行的在线工具，以帮助用户识别具有潜在重要功能的lncrna，并提供更友好的web界面，以促进数据管理，检索和可视化。因此，LncRNAWiki 2.0收录了总共2512种lncrna，以及106 242种与疾病、功能、药物、相互作用伙伴、分子特征、实验样本、CRISPR设计等相关的lncrna，从而提供了一个全面的、最新的人类功能注释lncrna资源。
LncRNAWiki, a knowledgebase of human long non-coding RNAs (lncRNAs), has been rapidly expanded by incorporating more experimentally validated lncRNAs. Since it was built based on MediaWiki as its database system, it fails to manage data in a structured way and is ineffective to support systematic exploration of lncRNAs. Here we present LncRNAWiki 2.0 (https://ngdc.cncb.ac.cn/lncrnawiki), which is significantly improved with enhanced database system and curation model. In LncRNAWiki 2.0, all contents are organized in a structured manner powered by MySQL/Java and curators are able to submit/edit annotations based on the curation model that includes a wider range of annotation items. Moreover, it is equipped with popular online tools to help users identify lncRNAs with potentially important functions, and provides more user-friendly web interfaces to facilitate data curation, retrieval and visualization. Consequently, LncRNAWiki 2.0 incorporates a total of 2512 lncRNAs and 106 242 associations for disease, function, drug, interacting partner, molecular signature, experimental sample, CRISPR design, etc., thus providing a comprehensive and up-to-date resource of functionally annotated lncRNAs in human.
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