Statistical quality assessment and outlier detection for liquid chromatography-mass spectrometry experiments.
Statistical quality assessment and outlier detection for liquid chromatography-mass spectrometry experiments.
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液态色谱 - 质谱实验的统计质量评估和离群值检测。
DOI：
10.1186/1756-0381-2-4
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发表时间：
2009-04-07
期刊：
影响因子：
4.5
通讯作者：
Unger K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schulz-Trieglaff O;Machtejevas E;Reinert K;Schlüter H;Thiemann J;Unger K
质量评价方法在工程和工业生产中很常见，但在大规模蛋白质组学实验中应用并不广泛。但是现代技术如多维液相色谱联用质谱（LC-MS）产生了大量的蛋白质组学数据。这些数据容易出现测量误差和再现性问题，因此自动质量评估和控制变得越来越重要。我们提出了一种方法来评估定量LC-MS实验中产生的数据的质量和可重复性。我们引入质量描述符，捕获LC-MS数据集的质量和可重复性的不同方面。我们的方法是基于马氏距离和一个稳健的主成分分析。我们在不同复杂性的几个数据集上评估了我们的方法，并表明我们能够在大规模研究中精确检测信号质量差的LC-MS运行。
Quality assessment methods, that are common place in engineering and industrial production, are not widely spread in large-scale proteomics experiments. But modern technologies such as Multi-Dimensional Liquid Chromatography coupled to Mass Spectrometry (LC-MS) produce large quantities of proteomic data. These data are prone to measurement errors and reproducibility problems such that an automatic quality assessment and control become increasingly important. We propose a methodology to assess the quality and reproducibility of data generated in quantitative LC-MS experiments. We introduce quality descriptors that capture different aspects of the quality and reproducibility of LC-MS data sets. Our method is based on the Mahalanobis distance and a robust Principal Component Analysis. We evaluate our approach on several data sets of different complexities and show that we are able to precisely detect LC-MS runs of poor signal quality in large-scale studies.
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影响因子：
3
作者：
Sturm M;Bertsch A;Gröpl C;Hildebrandt A;Hussong R;Lange E;Pfeifer N;Schulz-Trieglaff O;Zerck A;Reinert K;Kohlbacher O
通讯作者：
Kohlbacher O
影响因子：
5.8
作者：
Freue, Gabriela V. Cohen;Hollander, Zsuzsanna;Ng, Raymond T.
通讯作者：
Ng, Raymond T.
DOI：
10.1016/s1044-0305(00)00097-0
发表时间：
2000-05-01
影响因子：
3.2
作者：
Moore, RE;Young, MK;Lee, TD
通讯作者：
Lee, TD
影响因子：
3.4
作者：
Leptos, KC;Sarracino, DA;Church, GM
通讯作者：
Church, GM
影响因子：
4.4
作者：
Na, Seungjin;Paek, Eunok
通讯作者：
Paek, Eunok