VDJdb: a curated database of T-cell receptor sequences with known antigen specificity.
VDJdb: a curated database of T-cell receptor sequences with known antigen specificity.
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DOI：
10.1093/nar/gkx760
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Chudakov DM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shugay M;Bagaev DV;Zvyagin IV;Vroomans RM;Crawford JC;Dolton G;Komech EA;Sycheva AL;Koneva AE;Egorov ES;Eliseev AV;Van Dyk E;Dash P;Attaf M;Rius C;Ladell K;McLaren JE;Matthews KK;Clemens EB;Douek DC;Luciani F;van Baarle D;Kedzierska K;Kesmir C;Thomas PG;Price DA;Sewell AK;Chudakov DM
解码重排 T 细胞受体 (TCR) 基因序列中封装的抗原特异性的能力对于我们了解适应性免疫系统至关重要，并有望在转化医学领域取得重大进展。高通量测序方法（免疫组库测序技术，或 RepSeq）和单细胞 RNA 测序技术的最新发展使我们能够从供体样本中获得大量 TCR 序列，并将其与 T 细胞表型联系起来。然而，由于 TCR 库的巨大多样性以及 T 细胞特异性的可用数据的缺乏，我们注释这些 TCR 序列的能力仍然落后。在本文中，我们提出了 VDJdb，这是一个数据库，用于存储和汇总已发表的 T 细胞特异性测定结果，并提供将抗原特异性与 TCR 序列结合起来的通用平台。我们证明 VDJdb 是一种用于注释 TCR 库数据的多功能工具，可以实现抗原特异性 TCR 序列基序的串联视图。 VDJdb 可以通过 https://vdjdb.cdr3.net 和 https://github.com/antigenomics/vdjdb-db 访问。
The ability to decode antigen specificities encapsulated in the sequences of rearranged T-cell receptor (TCR) genes is critical for our understanding of the adaptive immune system and promises significant advances in the field of translational medicine. Recent developments in high-throughput sequencing methods (immune repertoire sequencing technology, or RepSeq) and single-cell RNA sequencing technology have allowed us to obtain huge numbers of TCR sequences from donor samples and link them to T-cell phenotypes. However, our ability to annotate these TCR sequences still lags behind, owing to the enormous diversity of the TCR repertoire and the scarcity of available data on T-cell specificities. In this paper, we present VDJdb, a database that stores and aggregates the results of published T-cell specificity assays and provides a universal platform that couples antigen specificities with TCR sequences. We demonstrate that VDJdb is a versatile instrument for the annotation of TCR repertoire data, enabling a concatenated view of antigen-specific TCR sequence motifs. VDJdb can be accessed at https://vdjdb.cdr3.net and https://github.com/antigenomics/vdjdb-db.
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影响因子：
4.3
作者：
Shugay M;Bagaev DV;Turchaninova MA;Bolotin DA;Britanova OV;Putintseva EV;Pogorelyy MV;Nazarov VI;Zvyagin IV;Kirgizova VI;Kirgizov KI;Skorobogatova EV;Chudakov DM
通讯作者：
Chudakov DM
DOI：
10.1084/jem.20081127
发表时间：
2009-04-13
期刊：
The Journal of experimental medicine
影响因子：
--
作者：
Price DA;Asher TE;Wilson NA;Nason MC;Brenchley JM;Metzler IS;Venturi V;Gostick E;Chattopadhyay PK;Roederer M;Davenport MP;Watkins DI;Douek DC
通讯作者：
Douek DC
影响因子：
14.9
作者：
Vita R;Overton JA;Greenbaum JA;Ponomarenko J;Clark JD;Cantrell JR;Wheeler DK;Gabbard JL;Hix D;Sette A;Peters B
通讯作者：
Peters B
影响因子：
3.5
作者：
De Martinis, M;Franceschi, C;Ginaldi, L
通讯作者：
Ginaldi, L
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
--