Predicting genes for orphan metabolic activities using phylogenetic profiles.
Predicting genes for orphan metabolic activities using phylogenetic profiles.
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DOI：
10.1186/gb-2006-7-2-r17
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发表时间：
2006
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Vitkup D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen L;Vitkup D
描述了一种将代谢网络与系统发育谱相结合的方法，并用于将基因分配给酵母和大肠杆菌中的孤儿代谢活性。
基于同源的方法未能将基因分配给测序生物中存在的许多代谢活性。为了建议这些孤儿活动的基因，我们开发了一种新型方法，该方法将代谢网络的局部结构与系统发育谱相结合。我们在酿酒酵母和大肠杆菌中使用已知的代谢基因验证了我们的方法。我们表明，我们的方法应易于转移到其他生物体，并且对于不完整的代谢网络中的错误是可靠的。
A method that combines local structure of a metabolic network with phylogenetic profiles is described and used to assign genes to orphan metabolic activities in yeast and Escherichia coli. Homology-based methods fail to assign genes to many metabolic activities present in sequenced organisms. To suggest genes for these orphan activities we developed a novel method that efficiently combines local structure of a metabolic network with phylogenetic profiles. We validated our method using known metabolic genes in Saccharomyces cerevisiae and Escherichia coli. We show that our method should be easily transferable to other organisms, and that it is robust to errors in incomplete metabolic networks.
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