The Escherichia coli K-12 ORFeome: a resource for comparative molecular microbiology.
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DOI：
10.1186/1471-2164-11-470
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发表时间：
2010-08-11
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Uetz P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rajagopala SV;Yamamoto N;Zweifel AE;Nakamichi T;Huang HK;Mendez-Rios JD;Franca-Koh J;Boorgula MP;Fujita K;Suzuki K;Hu JC;Wanner BL;Mori H;Uetz P
系统生物学和功能基因组学需要全基因组数据集和资源。已经为大约12种细菌制作了完整的克隆开放阅读框架（ORF），使研究人员能够以高通量的方式表达和研究完整的蛋白质组。我们已经构建了Gateway®入门载体pENTR/Zeo中3974个或94%的已知大肠杆菌K-12 ORF的开放阅读框架（ORFeome）集合。该集合已用于蛋白质表达和蛋白质相互作用研究。例如，我们比较了大肠杆菌中YgjD、YjeE和YeaZ蛋白之间的相互作用。大肠杆菌、肺炎链球菌和金黄色葡萄球菌。我们还比较了这个ORFeome与其他网关兼容的细菌ORFeomes和比较功能基因组学显示其效用。急诊coli ORFeome以高度灵活的形式为功能基因组学和蛋白质研究的其他领域提供了有用的资源。我们与其他ORFeomes的比较使比较分析变得直截了当，并促进了许多基因组中许多蛋白质的直接比较。
Systems biology and functional genomics require genome-wide datasets and resources. Complete sets of cloned open reading frames (ORFs) have been made for about a dozen bacterial species and allow researchers to express and study complete proteomes in a high-throughput fashion. We have constructed an open reading frame (ORFeome) collection of 3974 or 94% of the known Escherichia coli K-12 ORFs in Gateway® entry vector pENTR/Zeo. The collection has been used for protein expression and protein interaction studies. For example, we have compared interactions among YgjD, YjeE and YeaZ proteins in E. coli, Streptococcus pneumoniae, and Staphylococcus aureus. We also compare this ORFeome with other Gateway-compatible bacterial ORFeomes and show its utility for comparative functional genomics. The E. coli ORFeome provides a useful resource for functional genomics and other areas of protein research in a highly flexible format. Our comparison with other ORFeomes makes comparative analyses straighforward and facilitates direct comparisons of many proteins across many genomes.
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