A comprehensive aligned nifH gene database: a multipurpose tool for studies of nitrogen-fixing bacteria.
A comprehensive aligned nifH gene database: a multipurpose tool for studies of nitrogen-fixing bacteria.
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DOI：
10.1093/database/bau001
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Buckley DH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gaby JC;Buckley DH
我们描述了一个固氮酶基因序列数据库，便于分析固氮生物的进化和生态。该数据库包含32954个与系统发育树和相关序列元数据相关的固氮酶nifH序列。该数据库包括185个连锁多基因条目，包括全长nifH，nifD，nifK和16 S核糖体RNA（rRNA）基因序列。多基因条目支持固氮酶基因在古细菌和细菌之间的水平转移，并提供证据表明nifH具有与nifDK酶核心不同的水平基因转移历史。进一步的分析表明，固氮酶簇I和簇III中的谱系在nifD内具有不同的取代率，表明nifD在这两个谱系中受到不同的选择压力。最后，我们发现nifH和16 S rRNA基因的遗传差异在通常用于定义微生物物种的序列相异度值处不相关，因为在其16 S rRNA基因中具有<3%序列相异度的菌株在nifH中可以具有高达23%的相异度。nifH数据库具有许多用途，包括系统发育和进化分析、引物/探针的设计和评估以及固氮酶序列多样性的评估。数据库URL：http://www.css.cornell.edu/faculty/buckley/nifh.htm
We describe a nitrogenase gene sequence database that facilitates analysis of the evolution and ecology of nitrogen-fixing organisms. The database contains 32 954 aligned nitrogenase nifH sequences linked to phylogenetic trees and associated sequence metadata. The database includes 185 linked multigene entries including full-length nifH, nifD, nifK and 16S ribosomal RNA (rRNA) gene sequences. Evolutionary analyses enabled by the multigene entries support an ancient horizontal transfer of nitrogenase genes between Archaea and Bacteria and provide evidence that nifH has a different history of horizontal gene transfer from the nifDK enzyme core. Further analyses show that lineages in nitrogenase cluster I and cluster III have different rates of substitution within nifD, suggesting that nifD is under different selection pressure in these two lineages. Finally, we find that that the genetic divergence of nifH and 16S rRNA genes does not correlate well at sequence dissimilarity values used commonly to define microbial species, as stains having <3% sequence dissimilarity in their 16S rRNA genes can have up to 23% dissimilarity in nifH. The nifH database has a number of uses including phylogenetic and evolutionary analyses, the design and assessment of primers/probes and the evaluation of nitrogenase sequence diversity. Database URL: http://www.css.cornell.edu/faculty/buckley/nifh.htm
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影响因子：
4.8
作者：
Nomata, Jiro;Mizoguchi, Tadashi;Fujita, Yuichi
通讯作者：
Fujita, Yuichi
影响因子：
14.9
作者：
Ludwig, W;Strunk, O;Schleifer, KH
通讯作者：
Schleifer, KH
影响因子：
14.9
作者：
Pruesse E;Quast C;Knittel K;Fuchs BM;Ludwig W;Peplies J;Glöckner FO
通讯作者：
Glöckner FO
DOI：
10.1098/rstb.2006.1920
发表时间：
2006-11-29
影响因子：
6.3
作者：
Konstantinidis, Konstantinos T.;Ramette, Alban;Tiedje, James M.
通讯作者：
Tiedje, James M.
影响因子：
5.1
作者：
Gaby, John Christian;Buckley, Daniel H.
通讯作者：
Buckley, Daniel H.