Genome Duplication and Evolution of Heat Shock Transcription Factor (HSF) Gene Family in Four Model Angiosperms
Genome Duplication and Evolution of Heat Shock Transcription Factor (HSF) Gene Family in Four Model Angiosperms
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四种模型被子植物热激转录因子（HSF）基因家族的基因组复制和进化
DOI：
10.1007/s00344-016-9590-5
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发表时间：
2016-03
影响因子：
4.8
通讯作者：
Yan Xiang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yuxin Zhu;Hanwei Yan;Yiyi Wang;Lin Feng;Zhu Chen;Yan Xiang
全基因组复制事件在被子植物进化过程中起着重要作用。许多现代被子植物基因组经历了一轮或多轮古多倍体。鉴于古代大规模复制会导致年龄相近的相对较老的重复基因的过剩，我们分析了四个模式被子植物(毛果杨、拟南芥、水稻和欧洲葡萄)中复制对的时间。通过对种内微共线的搜索，我们在杨树、拟南芥和水稻中鉴定了18个由全基因组复制引起的平行重复片段基因对。值得注意的是，在葡萄藤中不存在类似的基因对。然而，通过比较种间微共时，我们证实了在拟南芥、水稻和葡萄基因组中的大多数含有HSF的片段在杨树中表现出广泛的保守性和重复区域。基因芯片和定量逆转录聚合酶链式反应分析表明，大多数杨树HSF基因在不同胁迫条件下都有差异表达。综上所述，本研究综合分析了HSF在四种模式被子植物中的进化和复制关系，揭示了不同物种的基因获得率。
Whole-genome duplication events played important roles in the evolution of angiosperms. Many modern angiosperms genomes have experienced one or more rounds of paleopolyploidy. Given that an ancient large-scale duplication will result in an excess of relatively old duplicated genes with similar ages, we analyzed the timing of duplication pairs in four model angiosperms (Populus trichocarpa,Arabidopsis thaliana,Oryza sativa, andVitis vinifera). By searching for intraspecies microsynteny, we identified 18 paralogous gene pairs of duplicated segments resulting from a whole-genome duplication in poplar,Arabidopsis, and rice. Notably no paralogous gene pairs existed in grapevine. However, by comparing interspecies microsynteny, we confirmed that the majority of HSF-containing segments in theArabidopsis, rice, and grapevine genomes show extensive conservation with duplicated regions in poplar. Microarray and quantitative reverse transcriptase PCR analysis showed that most of the poplar HSF genes are differentially expressed upon exposure to various stresses. In conclusion, this study comprehensively analyzed the evolution and duplication relationship of HSF across four model angiosperms, which demonstrated the rates of gene gain in different species.
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影响因子：
7
作者：
Blanc, G;Hokamp, K;Wolfe, KH
通讯作者：
Wolfe, KH
DOI：
10.1093/dnares/dsn008
发表时间：
2008-08
期刊：
DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes
影响因子：
--
作者：
Sato S;Nakamura Y;Kaneko T;Asamizu E;Kato T;Nakao M;Sasamoto S;Watanabe A;Ono A;Kawashima K;Fujishiro T;Katoh M;Kohara M;Kishida Y;Minami C;Nakayama S;Nakazaki N;Shimizu Y;Shinpo S;Takahashi C;Wada T;Yamada M;Ohmido N;Hayashi M;Fukui K;Baba T;Nakamichi T;Mori H;Tabata S
通讯作者：
Tabata S
影响因子：
4.4
作者：
Zhang J;Liu B;Li J;Zhang L;Wang Y;Zheng H;Lu M;Chen J
通讯作者：
Chen J
DOI：
10.1016/j.ijfoodmicro.2015.09.002
发表时间：
2016-01-04
影响因子：
5.4
作者：
Guidone, Angela;Zotta, Teresa;Parente, Eugenio
通讯作者：
Parente, Eugenio
影响因子：
2.9
作者：
Horiuchi, Hiroyuki
通讯作者：
Horiuchi, Hiroyuki