Horizontal transfer and evolution of transposable elements in vertebrates
Horizontal transfer and evolution of transposable elements in vertebrates
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脊椎动物转座因子的水平转移和进化
DOI：
10.1038/s41467-020-15149-4
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发表时间：
2020-03
影响因子：
16.6
通讯作者：
Gilbert Clement
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang Hua-Hao;Peccoud Jean;Xu Min-Rui-Xuan;Zhang Xiao-Gu;Gilbert Clement
转座因子（HTT）的水平转移是真核生物基因组形成的重要过程，但很少有研究对这一现象进行大规模的定量分析，也很少有研究对转座因子在水平和垂直转移过程中的选择性限制进行评价。在这里，我们筛选了307个脊椎动物基因组，并推断出超过1.2亿年前分化的谱系之间至少有975个独立的HTT事件。HTT的分布与零预期有很大不同，其中93.7%涉及辐鳍鱼类，不到3%涉及哺乳动物和鸟类。HTT在所有TE上引起纯化选择（保守蛋白质进化），证实产生功能性转座蛋白是TE侵入新基因组所需的。在没有HTT的情况下，DNA转座子似乎在基因组内中性进化，不像大多数逆转录转座子那样在纯化选择下进化。这种选择机制表明，大多数反转录转座子家族的蛋白质倾向于加工它们自己的编码RNA（顺式偏好），这有助于反转录转座子在宿主谱系中长时间持续存在。
Horizontal transfer of transposable elements (HTT) is an important process shaping eukaryote genomes, yet very few studies have quantified this phenomenon on a large scale or have evaluated the selective constraints acting on transposable elements (TEs) during vertical and horizontal transmission. Here we screen 307 vertebrate genomes and infer a minimum of 975 independent HTT events between lineages that diverged more than 120 million years ago. HTT distribution greatly differs from null expectations, with 93.7% of these transfers involving ray-finned fishes and less than 3% involving mammals and birds. HTT incurs purifying selection (conserved protein evolution) on all TEs, confirming that producing functional transposition proteins is required for a TE to invade new genomes. In the absence of HTT, DNA transposons appear to evolve neutrally within genomes, unlike most retrotransposons, which evolve under purifying selection. This selection regime indicates that proteins of most retrotransposon families tend to process their own encoding RNA (cis-preference), which helps retrotransposons to persist within host lineages over long time periods.
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DOI：
10.1128/9781555817954
发表时间：
2002
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
N. Craig;M. Chandler;M. Gellert;A. Lambowitz;P. Rice;S. Sandmeyer
通讯作者：
N. Craig;M. Chandler;M. Gellert;A. Lambowitz;P. Rice;S. Sandmeyer
影响因子：
5.6
作者：
Carducci F;Barucca M;Canapa A;Biscotti MA
通讯作者：
Biscotti MA
影响因子：
4.9
作者：
Hancks DC;Kazazian HH Jr
通讯作者：
Kazazian HH Jr
影响因子：
5.3
作者：
Wei, W;Gilbert, N;Moran, JV
通讯作者：
Moran, JV
影响因子：
5.8
作者：
Simao, Felipe A.;Waterhouse, Robert M.;Zdobnov, Evgeny M.
通讯作者：
Zdobnov, Evgeny M.