A paired-end sequencing strategy to map the complex landscape of transcription initiation.
A paired-end sequencing strategy to map the complex landscape of transcription initiation.
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DOI：
10.1038/nmeth.1464
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发表时间：
2010-07
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Zhu, Jun
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ni, Ting;Corcoran, David L.;Rach, Elizabeth A.;Song, Shen;Spana, Eric P.;Gao, Yuan;Ohler, Uwe;Zhu, Jun
最近的高通量测序方案揭示了哺乳动物RNA聚合酶II转录的复杂性，有助于确定转录起始位点（tss）在窄基因组窗口和宽基因组窗口内聚集的几种起始模式。在这里，我们描述了一种对端测序策略，它能够更稳健地定位和表征封顶转录本。这一策略被应用于探索黑腹果蝇胚胎的转录起始景观。将先前在哺乳动物中的发现扩展，我们发现苍蝇启动子表现出不同的启动模式，这与特定的启动子序列基序有关。此外，我们还发现了大量来自编码外显子的5 '帽转录本；分析表明，它们不太可能是其他tss的结果，而是转录后修饰的产物。综上所述，配对端TSS分析被证明是揭示真核生物基因组转录复杂性的有力方法。
Recent high-throughput sequencing protocols have uncovered the complexity of mammalian transcription by RNA polymerase II, helping to define several initiation patterns in which transcription start sites (TSSs) cluster within both narrow and broad genomic windows. Here, we describe a paired-end sequencing strategy, which enables more robust mapping and characterization of capped transcripts. This strategy was applied to explore the transcription initiation landscape in the Drosophila melanogaster embryo. Extending the previous findings in mammals, we found that fly promoters exhibit distinct initiation patterns, which are linked to specific promoter sequence motifs. Furthermore, we identified a large number of 5′ capped transcripts originating from coding exons; analyses support that they are unlikely the result of alternative TSSs, but rather the product of post-transcriptional modifications. Taken together, paired-end TSS analysis is demonstrated to be a powerful method to uncover the transcriptional complexity of eukaryotic genomes.
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