Galaxy-SynBioCAD: Synthetic Biology Design Automation tools in Galaxy workflows
Galaxy-SynBioCAD: Synthetic Biology Design Automation tools in Galaxy workflows
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Galaxy-SynBioCAD：Galaxy 工作流程中的合成生物学设计自动化工具
DOI：
10.1101/2020.06.14.145730
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Du Lac M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Du Lac M
许多计算机辅助设计工具可用于合成生物学和代谢工程。然而，这些工具可能很难理解，有时需要一定程度的专业知识，这限制了更广泛的社区对它们的使用。此外，有些工具虽然是互补的，但依赖于不同的输入和输出格式，无法相互沟通。科学的工作流程解决了这些缺点，同时提供了一种新颖的设计策略。在现有的工作流程系统中，Galaxy是一个基于网络的平台，用于为所有科学家进行可查找和可访问的数据分析，无论他们的信息学专业知识如何，沿着可互操作和可重复的计算，无论使用的是哪种特定平台。在这里，我们介绍Galaxy-SynBioCAD门户网站，这是第一个用于合成生物学和代谢工程的Galaxy工具箱。它允许人们轻松创建工作流或使用社区已经开发的工作流。该门户是一个不断发展的社区成果，开发人员可以在其中添加新工具，用户可以评估为他们的特定项目执行设计的工具。目前在Galaxy-SynBioCAD门户网站上共享的工具和工作流程涵盖了一个端到端的代谢途径设计过程，从菌株和靶标的选择到待组装的DNA部分的计算，以构建待工程化以产生靶标的菌株文库。这些包括用于菌株和途径的SBML和用于遗传布局的SBOL。该门户网站已在81个文献路径上进行了基准测试，总体而言，我们发现在工作流程预测和生成的前10（50）个路径中，检索文献路径的成功率为65%（和88%）。
Many computer-aided design tools are available for synthetic biology and metabolic engineering. Yet, these tools can be difficult to apprehend, sometimes requiring a level of expertise that limits their use by a wider community. Furthermore, some of the tools, although complementary, rely on different input and output formats and cannot communicate with one another. Scientific workflows address these shortcomings while offering a novel design strategy. Among the workflow systems available, Galaxy is a web-based platform for performing findable and accessible data analyses for all scientists regardless of their informatics expertise, along with interoperable and reproducible computations regardless of the particular platform that is being used.Here, we introduce the Galaxy-SynBioCAD portal, the first Galaxy toolshed for synthetic biology and metabolic engineering. It allows one to easily create workflows or use those already developed by the community. The portal is a growing community effort where developers can add new tools and users can evaluate the tools performing design for their specific projects. The tools and workflows currently shared on the Galaxy-SynBioCAD portal cover an end-to-end metabolic pathway design process from the selection of strain and target to the calculation of DNA parts to be assembled to build libraries of strains to be engineered to produce the target.Standard formats are used throughout to enforce the compatibility of the tools. These include SBML for strain and pathway and SBOL for genetic layouts. The portal has been benchmarked on 81 literature pathways, overall, we find we have a 65% (and 88%) success rate in retrieving the literature pathways among the top 10 (50) pathways predicted and generated by the workflows.
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DOI：
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发表时间：
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--
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