High-Throughput Quantitation of Yeast uORF Regulatory Impacts Using FACS-uORF.
High-Throughput Quantitation of Yeast uORF Regulatory Impacts Using FACS-uORF.
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使用 FACS-uORF 对酵母 uORF 监管影响进行高通量定量。
DOI：
10.1007/978-1-0716-1851-6_18
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
McManus,CJoel
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
May,GemmaE;McManus,CJoel
真核上游开放阅读框（uORF）是在许多转录前导序列中发现的短翻译区（巴博萨等人PLoS Genet 9：e1003529，2013; Zhang等人Trends Biochem Sci 44：782-794，2019）。现代转录物注释和核糖体分析研究已经发现了数千个AUC启动的uORF，以及更多由近同源密码子（CUG，GUG，UUG等）启动的uORF。它们的翻译通常通过阻止核糖体到达每个基因的主要ORF以及通过过早终止诱导无义介导衰变（NMD）来降低主要编码蛋白的表达。在许多细胞应激下，含有uORF的转录物由于翻译起始减少而被去阻遏（Young等人J Biol Chem 291：16927-16935，2016）。uORF的传统实验评价涉及比较来自匹配的含uORF和起始密码子突变的转录前导报告质粒的表达。这个繁琐的过程已经排除了大量uORF的分析。我们最近使用FACS-uORF同时测定数千个酵母uORF，以评估密码子使用对其功能的影响（Lin et al. Nucleic Acids Res 2：1-10，2019）。在这里，我们提供了一个逐步的协议，这种测定。
EukaryoticupstreamOpenReadingFrames(uORFs) are short translated regions found in many transcript leaders (Barbosa et al. PLoS Genet 9:e1003529, 2013; Zhang et al. Trends Biochem Sci 44:782–794, 2019). Modern transcript annotations and ribosome profiling studies have found thousands of AUG-initiated uORFs, and many more uORFs initiated by near-cognate codons (CUG, GUG, UUG, etc.). Their translation generally decreases the expression of the main encoded protein by preventing ribosomes from reaching the main ORF of each gene, and by inducingnonsensemediateddecay (NMD) through premature termination. Under many cellular stresses, uORF containing transcripts are de-repressed due to decreased translation initiation (Young et al. J Biol Chem 291:16927–16935, 2016). Traditional experimental evaluation of uORFs involves comparing expression from matched uORF-containing and start-codon mutated transcript leader reporter plasmids. This tedious process has precluded analysis of large numbers of uORFs. We recently used FACS-uORF to simultaneously assay thousands of yeast uORFs in order to evaluate the impact of codon usage on their functions (Lin et al. Nucleic Acids Res 2:1–10, 2019). Here, we provide a step-by-step protocol for this assay.
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DOI：
--
发表时间：
1986
期刊：
影响因子：
--
作者：
L. Goldberg;J. Kohli;D. Glock
通讯作者：
D. Glock
DOI：
10.1016/s0021-9258(18)81855-5
发表时间：
1989-05
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
C. Felder;M. Blecher;P. Jose
通讯作者：
C. Felder;M. Blecher;P. Jose
DOI：
10.1152/ajprenal.1989.257.3.f315
发表时间：
1989-09
期刊：
The American journal of physiology
影响因子：
--
作者：
R. Felder;C. Felder;G. Eisner;Pedro A. Jose
通讯作者：
R. Felder;C. Felder;G. Eisner;Pedro A. Jose
中枢和肾脏多巴胺-1 受体的比较。
影响因子：
3.2
作者：
A. Sidhu;R. Felder;P. Jose;P. Fishman
通讯作者：
P. Fishman
亨廷顿病中 D1 多巴胺受体与鸟嘌呤核苷酸结合蛋白 Gs 的偶联存在缺陷
影响因子：
2.9
作者：
J. Keyser;J. Backer;G. Ebinger;G. Vauquelin
通讯作者：
G. Vauquelin