Development of an Ocean Protein Portal for Interactive Discovery and Education.
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DOI：
10.1021/acs.jproteome.0c00382
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发表时间：
2021-01-01
影响因子：
4.4
通讯作者：
Kinkade DB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Saito MA;Saunders JK;Chagnon M;Gaylord DA;Shepherd A;Held NA;Dupont C;Symmonds N;York A;Charron M;Kinkade DB
蛋白质在催化化学反应、形成关键细胞结构和调节细胞过程中起着至关重要的作用。用宏蛋白质组学方法研究海洋微生物蛋白，可以发现微生物生物地球化学过程的许多方面。然而，这些数据集带来了大数据挑战，因为它们通常涉及在广泛的地理空间和时间尺度上收集的许多样本，导致数千种蛋白质鉴定、丰度和相应的注释信息。海洋蛋白质门户网站（OPP）的创建是为了实现多个科学领域之间的数据共享和发现，并服务于研究和教育功能。门户网站关注三个用例问题：“我感兴趣的蛋白质在哪里？”、“谁做的？”和“有多少？”，并提供剖面和剖面可视化、实时分类分析、元数据链接、序列分析和其他外部资源，以实现生物地球化学和蛋白质组学数据集之间的连接。
Proteins are critical in catalyzing chemical reactions, forming key cellular structures, and in regulating cellular processes. Investigation of marine microbial proteins by metaproteomics methods enables the discovery of numerous aspects of microbial biogeochemical processes. However, these datasets present big data challenges as they often involve many samples collected across broad geospatial and temporal scales, resulting in thousands of protein identifications, abundances, and corresponding annotation information. The Ocean Protein Portal (OPP) was created to enable data sharing and discovery among multiple scientific domains and serve both research and education functions. The portal focuses on three use case questions: “Where is my protein of interest?”, “Who makes it?”, and “How much is there?” and provides profile and section visualizations, real-time taxonomic analysis, and links to metadata, sequence analysis, and other external resources to enable connections to be made between biogeochemical and proteomics datasets.
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--
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