maplet: an extensible R toolbox for modular and reproducible metabolomics pipelines.
maplet: an extensible R toolbox for modular and reproducible metabolomics pipelines.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btab741
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发表时间：
2022-01-27
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Krumsiek J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chetnik K;Benedetti E;Gomari DP;Schweickart A;Batra R;Buyukozkan M;Wang Z;Arnold M;Zierer J;Suhre K;Krumsiek J
本文介绍了 Maplet，这是一个开源 R 软件包，用于为代谢组学数据分析创建高度可定制、完全可重复的统计管道。它建立在 SummarizedExperiment 数据结构的基础上，创建一个用于存储数据、分析步骤、结果和可视化的集中式管道框架。 Maplet 的关键设计特点是其模块化，它具有多种优势，例如通过维护各个功能来确保代码质量，以及通过消除代码贡献的技术障碍来促进协作开发。该软件包拥有 90 多个功能，包括广泛的功能，涵盖许多广泛使用的统计方法和数据可视化技术。 maplet 包在 R 中实现，可在 https://github.com/krumsieklab/maplet 上免费获取
This article presents maplet, an open-source R package for the creation of highly customizable, fully reproducible statistical pipelines for metabolomics data analysis. It builds on the SummarizedExperiment data structure to create a centralized pipeline framework for storing data, analysis steps, results and visualizations. maplet’s key design feature is its modularity, which offers several advantages, such as ensuring code quality through the maintenance of individual functions and promoting collaborative development by removing technical barriers to code contribution. With over 90 functions, the package includes a wide range of functionalities, covering many widely used statistical approaches and data visualization techniques. The maplet package is implemented in R and freely available at https://github.com/krumsieklab/maplet
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影响因子：
48
作者：
Huber W;Carey VJ;Gentleman R;Anders S;Carlson M;Carvalho BS;Bravo HC;Davis S;Gatto L;Girke T;Gottardo R;Hahne F;Hansen KD;Irizarry RA;Lawrence M;Love MI;MacDonald J;Obenchain V;Oleś AK;Pagès H;Reyes A;Shannon P;Smyth GK;Tenenbaum D;Waldron L;Morgan M
通讯作者：
Morgan M
影响因子：
4.3
作者：
Sandve GK;Nekrutenko A;Taylor J;Hovig E
通讯作者：
Hovig E
影响因子：
14.9
作者：
Sud M;Fahy E;Cotter D;Azam K;Vadivelu I;Burant C;Edison A;Fiehn O;Higashi R;Nair KS;Sumner S;Subramaniam S
通讯作者：
Subramaniam S
DOI：
10.1093/bioinformatics/bty528
发表时间：
2018-12-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Chong J;Xia J
通讯作者：
Xia J
影响因子：
14.9
作者：
Haug, Kenneth;Cochrane, Keeva;O'Donovan, Claire
通讯作者：
O'Donovan, Claire