Michigan molecular interactions r2: from interacting proteins to pathways.
Michigan molecular interactions r2: from interacting proteins to pathways.
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密歇根分子相互作用 r2：从相互作用的蛋白质到途径。
DOI：
10.1093/nar/gkn722
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Jagadish, H. V.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tarcea, V. Glenn;Weymouth, Terry;Ade, Alex;Bookvich, Aaron;Gao, Jing;Mahavisno, Vasudeva;Wright, Zach;Chapman, Adriane;Jayapandian, Magesh;Ozgur, Arzucan;Tian, Yuanyuan;Cavalcoli, Jim;Mirel, Barbara;Patel, Jignesh;Radev, Dragomir;Athey, Brian;States, David;Jagadish, H. V.
分子相互作用数据存在于多个存储库中，每个存储库都有自己的数据格式、分子标识符和信息覆盖范围。密歇根分子相互作用 (MiMI) 帮助科学家搜索大量的分子相互作用数据。 MiMI 的最初版本从著名的蛋白质相互作用数据库中收集数据，并深度合并这些信息，同时跟踪来源。根据用户的反馈，MiMI 进行了彻底的重新设计。本文介绍了由此产生的 MiMI Release 2 (MiMIr2)。新功能包括从蛋白质到基因和通路的扩展；识别来源出版物中突出显示的句子；与Cytoscape双向无缝连接；基于 MeSH/GO 术语和其他概念的查询设施；近似图匹配以找到相关路径；支持批量查询；以及用户焦点组驱动的界面设计。 MiMI 是 NIH 的一部分；国家综合生物医学信息学中心 (NCIBI)，可公开访问：http://mimi.ncibi.org。
Molecular interaction data exists in a number of repositories, each with its own data format, molecule identifier and information coverage. Michigan molecular interactions (MiMI) assists scientists searching through this profusion of molecular interaction data. The original release of MiMI gathered data from well-known protein interaction databases, and deep merged this information while keeping track of provenance. Based on the feedback received from users, MiMI has been completely redesigned. This article describes the resulting MiMI Release 2 (MiMIr2). New functionality includes extension from proteins to genes and to pathways; identification of highlighted sentences in source publications; seamless two-way linkage with Cytoscape; query facilities based on MeSH/GO terms and other concepts; approximate graph matching to find relevant pathways; support for querying in bulk; and a user focus-group driven interface design. MiMI is part of the NIH's; National Center for Integrative Biomedical Informatics (NCIBI) and is publicly available at: http://mimi.ncibi.org.
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Radev DR