Phytozome: a comparative platform for green plant genomics.
Phytozome: a comparative platform for green plant genomics.
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DOI：
10.1093/nar/gkr944
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发表时间：
2012-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Rokhsar DS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Goodstein DM;Shu S;Howson R;Neupane R;Hayes RD;Fazo J;Mitros T;Dirks W;Hellsten U;Putnam N;Rokhsar DS
测序的植物基因组和相关基因组资源的数量正在迅速增长，随着资助机构对植物基因组学的关注增加，以及廉价的下一代测序的应用。为了与不断增加的数据进行交互，我们开发了Phytozome（www.phytozome.net），这是一个植物基因组和基因家族数据和分析的比较中心。Phytozome从序列、基因结构、基因家族和基因组组织的角度提供了每一种植物基因的进化史，同时提供了越来越多的完整植物基因组（目前为25个）的序列和功能注释，包括联合基因组研究所测序的所有陆生植物和选定藻类，以及其他地方测序的选定物种。通过一个全面的植物基因组数据库和门户网站，这些数据和分析可供更广泛的植物科学研究界使用，提供了强大的比较基因组学工具，有助于将模型系统与其他具有经济和生态重要性的植物联系起来。
The number of sequenced plant genomes and associated genomic resources is growing rapidly with the advent of both an increased focus on plant genomics from funding agencies, and the application of inexpensive next generation sequencing. To interact with this increasing body of data, we have developed Phytozome (http://www.phytozome.net), a comparative hub for plant genome and gene family data and analysis. Phytozome provides a view of the evolutionary history of every plant gene at the level of sequence, gene structure, gene family and genome organization, while at the same time providing access to the sequences and functional annotations of a growing number (currently 25) of complete plant genomes, including all the land plants and selected algae sequenced at the Joint Genome Institute, as well as selected species sequenced elsewhere. Through a comprehensive plant genome database and web portal, these data and analyses are available to the broader plant science research community, providing powerful comparative genomics tools that help to link model systems with other plants of economic and ecological importance.
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Lynch, Michael
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