Screening potential reference genes for quantitative real-time PCR analysis in the oriental armyworm, Mythimna separata.
Screening potential reference genes for quantitative real-time PCR analysis in the oriental armyworm, Mythimna separata.
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筛选东方粘虫 Mythimna separata 中用于实时定量 PCR 分析的潜在内参基因
DOI：
10.1371/journal.pone.0195096
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Chen SH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li HB;Dai CG;Zhang CR;He YF;Ran HY;Chen SH
东方粘虫Mythimna separata是我国及亚洲各国的主要害虫。不幸的是，用于定量实时PCR（qRT-PCR）的合适参考基因先前尚未在M.用于标准化靶基因表达的分离物。本研究对8个候选基因（18 S、ACT、EF 1-α、GAPDH、RPS 7、RPS 13、RPL 32和TUB）在M. separata使用比较ΔCt方法、BestKeeper、Normfinder geNorm和Replant综合软件平台。结果表明，合适的参考基因因实验条件而异。结果表明，ACTIN、EF 1-α和TUB基因在不同发育阶段表达最稳定，TUB、RPS 13和EF 1-α基因在不同组织中表达最稳定，RPS 13和18 S基因在高温条件下表达最稳定，TUB、RPS 13和RPS 7基因在幼虫拥挤条件下表达最稳定，TUB、RPS 13和RPS 7基因在高温条件下表达最稳定。RPS 7、EF 1-α、RPL 32和GAPDH是最适合农药暴露试验的菌株。该研究为qRT-PCR数据的可靠标准化提供了工具，并为M.分离。
The oriental armyworm, Mythimna separata, is a major insect pest in China and other Asian countries. Unfortunately, suitable reference genes for quantitative real-time PCR (qRT-PCR) have not been previously identified in M. separata for normalizing target gene expression. In this study, we evaluated the expression stability of eight candidate genes (18S, ACT, EF1-α, GAPDH, RPS7, RPS13, RPL32 and TUB) in M. separata using the comparative ΔCt method, BestKeeper, Normfinder geNorm and ReFinder, a comprehensive software platform. The results indicated that the appropriate reference gene varied depending on the experimental conditions. We found that ACTIN, EF1-α and TUB were optimal for different developmental stages; TUB, RPS13 and EF1-α showed the most stable expresssion in different tissues; RPS13 and 18S were the best reference genes for monitoring expression under high temperature conditions; TUB, RPS13 and RPS7 exhibited the most stable expression under larval-crowding conditions; RPS7, EF1-α, RPL32 and GAPDH were the best for pesticide exposure experiments. This study provides tools for reliable normalization of qRT-PCR data and forms a foundation for functional studies of target gene expression in M. separata.
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东方粘虫Mythimna separata（鳞翅目：夜蛾科）转录组的从头组装及杀虫剂抗性相关基因分析
DOI：
10.1093/jisesa/iew079
发表时间：
2016
期刊：
Journal of insect science (Online)
影响因子：
--
作者：
Liu Y;Qi M;Chi Y;Wuriyanghan H
通讯作者：
Wuriyanghan H
使用定量 PCR 鉴定和验证斜纹夜蛾（鳞翅目：夜蛾科）基因表达分析的参考基因
影响因子：
3.7
作者：
Lu Y;Yuan M;Gao X;Kang T;Zhan S;Wan H;Li J
通讯作者：
Li J
影响因子：
3.7
作者：
Baumann A;Lehmann R;Beckert A;Vilcinskas A;Franta Z
通讯作者：
Franta Z
影响因子：
3.7
作者：
de Jonge HJ;Fehrmann RS;de Bont ES;Hofstra RM;Gerbens F;Kamps WA;de Vries EG;van der Zee AG;te Meerman GJ;ter Elst A
通讯作者：
ter Elst A
影响因子：
3.7
作者：
Li R;Wu Q;Zhao Y;Jin W;Yuan X;Wu X;Tang Y;Zhang J;Tan X;Bi F;Liu JN
通讯作者：
Liu JN