Evidence based selection of housekeeping genes.
Evidence based selection of housekeeping genes.
复制标题
DOI：
10.1371/journal.pone.0000898
复制
发表时间：
2007-09-19
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
ter Elst A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
de Jonge HJ;Fehrmann RS;de Bont ES;Hofstra RM;Gerbens F;Kamps WA;de Vries EG;van der Zee AG;te Meerman GJ;ter Elst A
为了进行准确可靠的基因表达分析，需要针对持家基因（参照基因或内参基因）对基因表达数据进行标准化。众所周知，常用的持家基因（例如ACTB、GAPDH、HPRT1和B2M）在不同的实验条件下变化很大，因此它们在标准化中的应用受到限制。我们对13629个人类基因芯片样本进行了荟萃分析，以确定表达最稳定的基因。在此我们展示了新的候选持家基因（例如RPS13、RPL27、RPS20和OAZ1），它们在多种不同细胞类型和不同实验条件下具有更高的稳定性。在表达最稳定的前50个基因中没有常见的持家基因。此外，通过使用2543个不同的小鼠基因芯片样本，我们能够证实在另一种哺乳动物中候选新持家基因具有更高的稳定性。因此，所确定的新候选持家基因似乎是对基因表达数据进行标准化的最合适选择。
For accurate and reliable gene expression analysis, normalization of gene expression data against housekeeping genes (reference or internal control genes) is required. It is known that commonly used housekeeping genes (e.g. ACTB, GAPDH, HPRT1, and B2M) vary considerably under different experimental conditions and therefore their use for normalization is limited. We performed a meta-analysis of 13,629 human gene array samples in order to identify the most stable expressed genes. Here we show novel candidate housekeeping genes (e.g. RPS13, RPL27, RPS20 and OAZ1) with enhanced stability among a multitude of different cell types and varying experimental conditions. None of the commonly used housekeeping genes were present in the top 50 of the most stable expressed genes. In addition, using 2,543 diverse mouse gene array samples we were able to confirm the enhanced stability of the candidate novel housekeeping genes in another mammalian species. Therefore, the identified novel candidate housekeeping genes seem to be the most appropriate choice for normalizing gene expression data.
登录
查看更多内容
影响因子：
82.9
作者：
Fink, L;Seeger, W;Bohle, RM
通讯作者：
Bohle, RM
影响因子：
7
作者：
Heid, CA;Stevens, J;Williams, PM
通讯作者：
Williams, PM
影响因子：
2.9
作者：
Solanas, M;Moral, R;Escrich, E
通讯作者：
Escrich, E
影响因子：
4.1
作者：
Thellin, O;Zorzi, W;Heinen, E
通讯作者：
Heinen, E
影响因子：
14.9
作者：
Edgar, R;Domrachev, M;Lash, AE
通讯作者：
Lash, AE