Diversity of cis-regulatory elements associated with auxin response in Arabidopsis thaliana.
Diversity of cis-regulatory elements associated with auxin response in Arabidopsis thaliana.
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DOI：
10.1093/jxb/erx254
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
6.9
通讯作者：
Mironova V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cherenkov P;Novikova D;Omelyanchuk N;Levitsky V;Grosse I;Weijers D;Mironova V
生长素响应转录组数据的荟萃分析确定了已知的和新的顺式调控元件与特定的响应模式。植物激素生长素实际上调节陆地植物的每一个发育过程。这种调节是通过DNA结合生长素反应因子（ARF）的去抑制介导的。ARF结合含有TGTC的生长素反应顺式元件（cis-elements，cis-elements），但越来越多的证据表明，在生长素反应调控区存在额外的顺式元件。生长素相关的顺式元件的剧目和他们参与不同的生长素反应模式还不知道。在这里，我们分析了与生长素上调或下调，早期或晚期反应，ARF结合域，并与不同的染色质状态的生长素反应基因的上游区域的核苷酸六聚体的富集。有趣的是，六聚体可能结合的碱性螺旋-环-螺旋（bHLH）和碱性亮氨酸拉链（bZIP）的因素，以及一个家庭的A/T丰富的六聚体更高度富集在生长素响应区域比典型的TGTC-含有的AGREs。我们对富集的六聚体的整个光谱进行了分类和注释，并讨论了它们与生长素反应的不同模式有关的富集模式。
Meta-analysis of auxin-responsive transcriptome data identified both known and novel cis-regulatory elements associated with specific response modes. The phytohormone auxin regulates virtually every developmental process in land plants. This regulation is mediated via de-repression of DNA-binding auxin response factors (ARFs). ARFs bind TGTC-containing auxin response cis-elements (AuxREs), but there is growing evidence that additional cis-elements occur in auxin-responsive regulatory regions. The repertoire of auxin-related cis-elements and their involvement in different modes of auxin response are not yet known. Here we analyze the enrichment of nucleotide hexamers in upstream regions of auxin-responsive genes associated with auxin up- or down-regulation, with early or late response, ARF-binding domains, and with different chromatin states. Intriguingly, hexamers potentially bound by basic helix–loop–helix (bHLH) and basic leucine zipper (bZIP) factors as well as a family of A/T-rich hexamers are more highly enriched in auxin-responsive regions than canonical TGTC-containing AuxREs. We classify and annotate the whole spectrum of enriched hexamers and discuss their patterns of enrichment related to different modes of auxin response.
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DOI：
10.1073/pnas.1316278111
发表时间：
2014-02-11
影响因子：
11.1
作者：
Franco-Zorrilla, Jose M.;Lopez-Vidriero, Irene;Solano, Roberto
通讯作者：
Solano, Roberto
影响因子：
56.9
作者：
He, JX;Gendron, JM;Wang, ZY
通讯作者：
Wang, ZY
影响因子：
9.9
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.6
作者：
Kelley, Dior R.;Arreola, Alexandra;Gasser, Charles S.
通讯作者：
Gasser, Charles S.
影响因子：
7.2
作者：
Kosugi, S;Ohashi, Y
通讯作者：
Ohashi, Y