Genomic islands of Pseudomonas aeruginosa.
Genomic islands of Pseudomonas aeruginosa.
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DOI：
10.1111/j.1574-6968.2008.01406.x
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发表时间：
2009-01
影响因子：
2.1
通讯作者：
Hauser AR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Battle SE;Rello J;Hauser AR
铜绿假单胞菌能够在不同的生态位中茁壮成长的关键是大量基因组岛的存在，这些基因组岛赋予单个菌株适应性特征。我们推测，铜绿假单胞菌能够在多个宿主的恶劣环境中生存，因此将是基因组岛的丰富来源。为此，我们鉴定了一株在动物和植物中都具有高度毒力的菌株PSE9。用消减杂交的方法比较了PSE9和毒力较弱的PAO1株的基因组。在PSE9中发现了9个PAO1中没有的基因组岛；其中7个以前没有描述过。在这七个岛屿中，有一个被命名为PAGI-5，已经被证明携带着许多有趣的ORF，其中包括几个对哺乳动物来说是毒力所必需的。在这里，我们描述了剩下的6个基因组岛，PAGI-6、-7、-8、-9、-10和-11，包括一个前噬菌体元件和两个RHS元件。
Key to Pseudomonas aeruginosa’s ability to thrive in a diversity of niches is the presence of numerous genomic islands that confer adaptive traits upon individual strains. We reasoned that P. aeruginosa strains capable of surviving in the harsh environments of multiple hosts would therefore represent rich sources of genomic islands. To this end, we identified a strain, PSE9, that was highly virulent in both animals and plants. Subtractive hybridization was used to compare the genome of PSE9 to the less virulent strain PAO1. Nine genomic islands were identified in PSE9 that were absent in PAO1; seven of these had not been previously described. One these seven islands, designated PAGI-5, has already been shown to carry numerous interesting ORFs, including several required for virulence in mammals. Here we describe the remaining six genomic islands, PAGI-6, -7, -8, -9, -10, and -11, which include a prophage element and two Rhs elements.
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