A cell epigenotype specific model for the correction of brain cellular heterogeneity bias and its application to age, brain region and major depression.
A cell epigenotype specific model for the correction of brain cellular heterogeneity bias and its application to age, brain region and major depression.
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DOI：
10.4161/epi.23924
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发表时间：
2013-03
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Kaminsky ZA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Guintivano J;Aryee MJ;Kaminsky ZA
脑细胞异质性可能会影响细胞类型特异性 DNA 甲基化模式，从而影响精神病学表观遗传学研究的结果。我们对 29 名重度抑郁症患者和 29 名匹配对照者的死后额叶皮质进行神经元核荧光激活细胞分选 (FACS) 和 Illumina HM450 DNA 甲基化分析。我们确定了丰富的细胞类型特异性表观遗传变异的基因组特征和本体。使用顶部细胞表观基因型特异性 (CETS) 标记，我们生成了一个公开可用的 R 包“CETS”，能够量化神经元比例并根据 DNA 甲基化数据生成计算机神经元概况。我们证明了 FACS 分离的神经元图谱和 CETS 模型生成的神经元图谱相对于本体图谱之间的重度抑郁症 DNA 甲基化关联存在显着重叠。 CETS 衍生的神经元比例与额叶皮层和小脑的年龄显着相关，并解释了大脑区域之间的表观遗传变异。基于 CETS 的细胞异质性控制将使大脑中的假设检验更加稳健。
Brain cellular heterogeneity may bias cell type specific DNA methylation patterns, influencing findings in psychiatric epigenetic studies. We performed fluorescence activated cell sorting (FACS) of neuronal nuclei and Illumina HM450 DNA methylation profiling in post mortem frontal cortex of 29 major depression and 29 matched controls. We identify genomic features and ontologies enriched for cell type specific epigenetic variation. Using the top cell epigenotype specific (CETS) marks, we generated a publically available R package, “CETS,” capable of quantifying neuronal proportions and generating in silico neuronal profiles from DNA methylation data. We demonstrate a significant overlap in major depression DNA methylation associations between FACS separated and CETS model generated neuronal profiles relative to bulk profiles. CETS derived neuronal proportions correlated significantly with age in the frontal cortex and cerebellum and accounted for epigenetic variation between brain regions. CETS based control of cellular heterogeneity will enable more robust hypothesis testing in the brain.
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影响因子：
2.5
作者：
Azevedo, Frederico A. C.;Carvalho, Ludmila R. B.;Herculano-Houzel, Suzana
通讯作者：
Herculano-Houzel, Suzana
影响因子：
11
作者：
Matigian, N.;Windus, L.;Hayward, N.
通讯作者：
Hayward, N.
影响因子：
6.7
作者：
Ekman, C. J.;Lind, J.;Landen, M.
通讯作者：
Landen, M.
影响因子：
3.5
作者：
Li, JZ;Vawter, MP;Myers, RM
通讯作者：
Myers, RM
DOI：
10.1073/pnas.92.5.1510
发表时间：
1995-02-28
影响因子：
11.1
作者：
BARK, IC;HAHN, KM;WILSON, MC
通讯作者：
WILSON, MC