The complete chloroplast genome of Scurrula chingii (W.C. Cheng) H.S. Kiu (Loranthaceae), a hemiparasitic shrub.
The complete chloroplast genome of Scurrula chingii (W.C. Cheng) H.S. Kiu (Loranthaceae), a hemiparasitic shrub.
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Scurrula chingii (W.C. Cheng) H.S. 的完整叶绿体基因组
DOI：
10.1080/23802359.2020.1863166
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发表时间：
2021-01-27
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhang L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li M;Zhang Y;Li Y;Zhang L
摘要中华金针菇(Scurula chingii(W.C.cheng)H.S.Kiu)是越南山梨科金针菇属的一种茎半寄生虫，分布于越南北部和中国的西南部。在此，我们报道并分析了中国檀属的完整的叶绿体基因组序列，为檀属的系统发育研究提供了有用的基因组资源。华支睾吸虫的质体体全长122,764 ，由一个大的单复制区(70,726 )、一个小的单复制区(6,091 )和一对反向重复序列(22,974 )组成。整个质体组分的GC含量为37.2%。它包含109个基因，包括69个蛋白质编码基因、8个rRNAs和32个tRNAs。利用最大似然法(ML)对14种红豆杉属植物的叶绿体全基因组进行了比对，构建了系统发育树。结果表明，中华红豆杉与寄生红豆杉和黑刺红豆杉为单系群。
Abstract Scurrula chingii (W.C. Cheng) H.S. Kiu is a stem hemiparasite of the genus Scurrula in the family Loranthaceae distributed in southwest China and northern Vietnam. Here, we report and characterize the complete plastid genome sequence of S. chingii to provide genomic resources useful for the phylogenetic studies of Santalales. The plastome of S. chingii is 122,764 bp in length, consisted of a large single-copy region (70,726 bp), a small single-copy region (6,091 bp), and a pair of inverted repeat regions (22,974 bp). The GC content of the whole plastome is 37.2%. It contains 109 genes, including 69 CDS (protein-coding genes), eight rRNAs, and 32 tRNAs. The alignment of 14 species complete chloroplast genomes of Loranthaceae was implemented and a phylogenetic tree was constructed using maximum-likelihood (ML) method, which revealed that S. chingii clustered with Scurrula parasitica and Taxillus thibetensis as a monophyletic group.
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